Konfederasyon’un düşüşü ve Terran Hükümdarlığı’nın doğuşunun ardından gördüğü garip rüyalar Raynor ve akıncılarını Char adındaki aktif volkanik gezegene yönlendirdi. Benzer garip rüyalar gören İmparator Mengsk de gezegeni araştırması ve bulduğu bütün zerg sürülerini yok etmesi için General Edmund Duke’u yollamıştı. Raynor ve akıncıları, Duke’un kuvvetleriyle kontağa girmekten sakınarak gezegene iniş yaptılar ve zerg sürüsünün korumaya çalıştığı krizalite denk geldiler. Kısa bir süre içinde kozanın içinden çıkan varlık ise hepsi için büyük şok oldu: Öldü sandıkları Sarah Kerrigan zerg tarafından ele geçirilip mutasyona uğratılmıştı. Kozanın içinde uykudayken bilinç altıyla Jim’e ulaşan Kerrigan, yeni güçleriyle terran birliklerinin büyük kısmını yok edip filosunu darmadağın ettiyse de Jim’i sağ bıraktı. Hem Duke’un hem de Raynor’ın kalan güçlerine karşı savaşan Kerrigan, Amerigo adındaki bilim gemisine girerek Ghost eğitiminin psişik güçleri üzerine koyduğu limitleri kaldırmanın yolunu aramaya başladı. Tam bu sırada Tassadar’ın önderliğindeki protoss filosu yörüngeye girdi ve karşılarına çıkan bütün güçlere saldırmaya başladı. Raynor’ın Akıncıları bir kez daha ağır kayıplar verdi ve Hyperion da acil durum manevrası yaparak körlemesine sıçrama yapmak zorunda kaldı. Jim ve geriye kalan bir avuç akıncı bu yüzden Char’da kısılı kaldı.

Çaresiz kalan Jim, Tassadar’ın izin sürdü ve hem onu hem de bir nerazim mistiği olan Zeratul’u bularak uzun çabalar sonucunda onları zerg sürüsüne karşı iş birliği yapmaya ikna etti. Üç ordunun birleşmiş güçleri Kerrigan’ın zerg sürüsüne karşı uzun süre mücadele ettiler, hatta Zeratul’un çözgü yalımı sayesinde kuluçka Zasz’ı geri doğamayacağı şekilde öldürmeyi başardılar ancak sayıları tükenmek bilmeyen zerg güçleri eninde sonunda üçünü de geri çekilip defansa kapanmaya zorladı. Kerrigan’ın sürüsüne karşı savaştıkları seferlerden birinde Zeratul, diğer iki ordudan ayrı düşerek bir terran yerleşimine sığındı. Tassadar ve Jim, umutlarını protoss yurdu Aiur’dan gelecek destek filosuna bağlamışlarken Aldaris ve Artanis komutasındaki bu filonun asıl görevinin Zeratul’la kurduğu dostluk nedeniyle hain olmakla suçlanan Tassadar’ı tutuklamak olduğunu öğrendiler. Tassadar yaptığı her şeyi Aiur’un iyiliği için yaptığını söyleyerek suçlamayı reddetti ve Zeratul’un zerg sürülerini kontrol eden kuluçkaları nihai olarak yok etmek için tek şansları olduğunu söyledi. Anlattıkları Artanis’i ikna etmek için yeterliydi; böylece birlikte Zeratul’u bulmak için tekrar Char yüzeyine indiler. Onlar Zeratul’u ararken Aldaris ikisine de gemiye dönmezlerse suçlu bulunacaklarına dair tehditler savurdu ancak Tassadar ve onun davasına inanan Artanis emirlere uymayı reddetti. Zeratul’u kurtaran ikili, yanlarına Char’a dönmüş olan Hyperion’ı da alarak durumun ciddiyetini protoss konseyine aktarmak adına Aiur’a döndü. Protoss Meclisi, Aiur’a ayak bastıkları gibi Tassadar ve Zeratul’un güçlerine saldırarak onları teslim olmaya zorlamaya çalıştı. Ancak Artanis’in de savunduğu protoss asileri geri karşılık verdiler; hatta Khor-shakal, yani Meclisin Kalbi’ne saldırarak birçok konsey üyesinin ölmesine ve mevcut yönetimin zayıflamasına yol açtılar. Yeni bir İhtilaf Çağı yaşanmasını istemeyen Tassadar, daha fazla kan dökülmemesi için teslim olmayı kabul etti. Tassadar teslim olmuş olsa da meclisin adil davranmayacağını bilen müttefikleri onu bu kadar kolay bırakmaya niyetli değillerdi. Antioch’u savunurken düşmüş ve dragoon zırhının içinde diriltilmiş olan protoss kahramanı Fenix, Jim Raynor’la birlikte Tassadar’ı nasıl kurtaracaklarının planlarını yapmaya başlamıştı bile.

Tassadar’ın mahkemesinin vakti geldiğinde Hyperion’la birlikte mahkeme alanını basan akıncılar, bölgeyi koruyan Ara ve Furinax kabilelerini yenilgiye uğratarak Tassadar’ı kurtarmayı başardılar. Kaçmalarını engellemek için ufak bir filoyla yollarını kesen Aldaris ise iç savaş sırasında gizemli şekilde ortadan kaybolmuş olan Tassadar ve Kara Templar’ların pususuna düştü.

Raynor, Tassadar, Zeratul, Fenix ve Artanis böylece bütün dikkatlerini zerg kuluçkalarını ve en nihayetinde de Overmind’ı yok edecek plana çevirdiler. Fenix iki kuluçkaya düzenlenecek saldırıyı yönetmeyi teklif etti; böylece grubun ve ordunun kalanı sürüyü oyalarken Zeratul kuluçkalara yeterince yaklaşıp onları yok edebilecekti. Kuluçkaların ölümünün Overmind’ın dikkatini bir süreliğine dağıtacağını ve bu süreçte de topyekûn saldırı için fırsat yakalayacaklarını umuyorlardı. Planın ilk kısmı gerçekten de işe yaradı ve Baelrog ile Grendel kuluçkaları Zeratul tarafından öldürüldü. Tassadar’ın komuta gemisi Gantrithor ve Raynor’ın komuta gemisi Hyperion, Overmind’a doğru saldırıya geçmeye hazırlanırken Aldaris ortaya çıkarak Meclis adına orada olduğunu ve hatalı olduklarını kabul ettiklerini belirterek desteğini sundu. Lakin terran ve protossun birleşmiş güçleri cesurca ve canlarını dişlerine takarak mücadele etseler bile Overmind’a ciddi bir hasar vermeyi başaramadılar. Tassadar ağır hasar almış Gantrithor’u protoss halkının khala öğretilerinin gücü ve Zeratul’dan öğrenmiş olduğu hiçlik enerjileriyle kapladı ve rotasını Overmind’a çevirdi. Devasa gemi birleşmiş bu zıt enerjilerle Overmind’ı yok etmekle kalmadı, Overmind’ın olduğu bölgeyi koca bir kratere çevirdi.

Overmind’ın ölümü ve Tassadar’ın bu büyük fedakârlığı galakside büyük dalgalanmalara yol açtı. Onları doğrudan kontrol eden bir zihin olmadan başıboş bir şekilde saldırmaya başlayan zerg sürüsü Aiur nüfusunun yüzde yetmişini katletti. Hayatta kalmayı başaranlar Zeratul’un önerisiyle çözgü geçitlerini kullanarak Kara Templar gezegeni olan Shakuras’a doğru geri çekilmeye başladılar. Raynor ve Fenix geride kalarak tahliye olmaya çalışan Khalai halkını ve geçitleri korudular. En sonunda zerg sürüsünün Shakuras’a geçmesini önlemek için Aiur tarafındaki geçidi kapamaya karar verdiler ancak bu hareket zerg ordusunun ortasında tek başlarına kalmalarına sebep olacaktı. Artanis bu fedakârlık karşısında etkilenerek ayırabildiği kadar çok birliği geçit kapanmadan yardımlarına yollayacağını söyledi.

Fenix ve Raynor çözgü geçitlerinden birinin yakınlarında hayatta kalmaya çalışırken beklenmedik şekilde Kerrigan onlarla iletişime geçti. Overmind’dan dolan boşluğu doldurmaya çalışan yeni kuluçka Daggoth’tan, BDD (Birleşmiş Dünya Direktörlüğü)‘nin bu yeni Overmind’ı kontrol etme planlarından bahsetti ve bu yeni tehdidi durdurmak için Jim ve Fenix’in yardımını istedi.

İnsanlığın beşiği olan Dünya’dan çıkagelmiş ve Koprulu Sektörü’nü kontrol altına alma amacındaki Birleşmiş Dünya Direktörlüğü, oldukça agresif bir politika izliyordu ve tek hedefleri de yeni Overmind aracılığıyla zerg sürülerinin kontrolünü kazanmak değildi. Korhal’ın başkenti Augustgrad’ı kuşatarak İmparator Arcturus Mengsk’in kaçmasına sebep olmuşlardı. Kerrigan BDD’ye karşı Mengsk’in psi-yayıcılarına ihtiyaçları olduğu konusunda Jim’i ikna etti. Böylece aralarındaki büyük husumeti bir süreliğine kenara koyan Jim Raynor, BDD Amirali Gerard DuGalle tarafından köşeye sıkıştırılmış Mengsk’i Hyperion ve ufak bir protoss filosu eşliğinde kurtararak ipten döndürmüş oldu. Mengsk’in yeni komuta gemisi Nomad III ile birlikte önce Aiur’a sıçradılar; sonrasındaysa çözgü geçidini arkalarından yok ederek Shakuras’a geçtiler.

Birbirinin düşmanı olan bu dört zıt güç, Tarsonis’te BDD’ye karşı narin bir ittifak kurdu. Sıra dışı bir dostluk geliştirmiş olan Jim ve Fenix’in orduları, Daggoth ve BDD’nin herkese tehdit oluşturduğunun bilinciyle savaşmaya hazırlardı; Mengsk onu tahtından eden BDD’yi aradan çıkartmak ve Korhal’ı geri almak istiyordu; Kerrigan için ise Overmind’ın tam güce ulaşıp onu kontrol altına alma ihtimali göze alamayacağı kadar büyük riskti. Ancak onlar bu ittifağı kurarken BDD de boş durmamıştı. Mengsk’in zamanında arayıp yerini bir türlü bulamadığı psi baskılayıcı cihazı bulan Amiral DuGalle, bu cihazı kullanarak Daggoth’un güçlerini bastırmayı ve sıhhiye birliklerinin enjekte ettiği nörostimlerle Char’daki bu yeni Overmind’ı kontrol altına almayı başardı. Psi baskılayıcının sinyali o kadar kuvvetliydi ki etkisi sadece Char ile sınırlı kalmayarak Tarsonis’teki Kerrigan’ın zerg sürüsüne kadar bile ulaştı. Sürüsünün kontrolünü kaybeden Kerrigan, bütün iradesini kullanarak zerglerini dizginlemeye çalışırken Raynor’ın Akıncıları psi baskılayıcının güç jeneratörlerini patlatmak amacıyla Braxis gezegenine indiler. Baskılayıcı devre dışı kalınca Mengsk’in psi-yayıcılarını kullanarak Kerrigan’ın kontrol gücünü arttırdılar ve Kerrigan bir kez daha sürülerinin tam hakimiyetini kazandı. Ancak DuGalle’ın Overmind üzerindeki kıskacını kırmak için bu da yeterli değildi zira her ne kadar bu dört büyük güç etkili bir ittifak oluşturmuş olsa da kaynakları çok sınırlıydı. Bu yüzden Moria gezegenine inerek buradaki Kel-Moria üslerine saldırdılar. Mineral açıdan fazlasıyla zengin olan Moria, onlara BDD’ye saldırmaya ve Korhal’ı geri almaya yetecek kadar kaynak sağladı.

Jim ve Fenix’in güçleri BDD’nin Korhal’daki dış tahkimatlarına saldırırken Kerrigan ise sürüsünü Augustgrad’a, BDD üssünün kalbine yolladı. BDD’nin köleleştirdiği zerg sürüleriyle de savaşmak zorunda kalan Kerrigan’ın zergü, düşmanlarını ağır bozguna uğratarak kaçmaya zorladı. Mengsk en başından beri amaçladığı gibi Korhal’ı geri aldı ve tekrar Terran Hükümdarlığı’nın İmparatoru titrini kazandı; BDD’nin ise elinde kalan son kale Char’daydı. Ancak ittifak için bu “zafer” anı aynı zamanda Kerrigan’ın da gerçek yüzünü gösterdiği an oldu. Müttefiklerine daha fazla ihtiyacı kalmayan Kerrigan, onları zayıf düşürmek için önce General Edmune Duke’un sonra da Fenix’in üslerine sürülerini yollayarak ikisini de öldürdü. Sarah’ın içinde eski hâlinden bir parça kaldığına inanmayı çok istemiş olan Jim, bu ihanet karşısında büyük hayal kırıklığına uğradı ve bir gün bir şekilde Kerrigan’ı öldürüp Fenix’in ve düşen bütün protossların intikamını alacağına yemin ederek Korhal’ı terk etti.

“Seni bunun için öldüreceğim, Kerrigan; Fenix ve seninle o güç deliliğin arasında telef olan diğer herkes için. Hemen yarın olmayabilir, tatlım. Arkamda bir orduyla bile olmayabilir. Ama şundan emin ol: Seni bir gün öldürecek olan kişi benim. Tekrar görüşeceğiz.”

Kuluçka Savaşı’nın sonuçlanmasının ardından Raynor ve ekibi savaşmaya devam etti. Artanis tarafından Braxis’te geriye kalan kuluçkaları yok etmeye çağrıldılar ve buradaki kuluçkalar tarafından diriltilip mutasyona uğratılmış olarak buldukları Alexei Stukov’a yardım edip onun mutasyonunu geri çevirmeye yarayacak bir serum bulmaya çabaladılar. Protoss ırkıyla aralarında gelişen bu dostluk ilişkisini iki ırkın ortak çabası olan “İttifak” ile taçlandırdılar ve Raynor bir süre bu ekibin de liderliğini yaptı. Bir yandan da anti-Hükümdarlık propagandaları ve operasyonları düzenlerken diğer yandan da akıncıları genişletmeye devam ettiler. Ölü Adamın Kayalığı’nda ipten çekip aldıkları genç bilim adamı Egon Stetmann Araştırma ve Geliştirme bölümünün başına gelirken, Kel Moria Birliği’ne karşı yapılan madenci ayaklanmalarını çıkartan ve daha sonrasında Raynor’ın Akıncıları tarafından kurtarılan Rory Swann ise ekibin Başmühendisi oldu. Raynor’ın Akıncıları’nın özgürlük savaşçıları olarak bu kadar hızla güç kazanıyor ve Terran Hükümdarlığı’na ciddi tehdit oluşturmaya başlıyor olması herkesin hoşuna gitmiyordu tabii. Hükümdarlık İçsel Güvenlik Bölüğü yöneticisi Tamsen Cauley, Jim’i öldürmesi için Savaş Domuzları adındaki paralı asker grubunu kiraladı. Çoğunlukla hüküm giymiş ve beyni yıkanarak ıslah edilmiş suçlulardan oluşan bu grup Raynor’ın peşine düştüğünde yolları önce bazı Kara Templar’larla kesişti. Savaş Domuzları’nın niyetini zihinlerinden okuyup öğrenen Narezim mistikleri, Raynor’ı suikast konusunda uyardılar. O sırada zerg tarafından istila altında olan Urona Sigma gezegeninde olan Raynor, bu bilgiyi paralı askerleri tuzağa düşürüp yakalamakta kullandı. Lakin liderlerinin yıllar önce Kel-Moria Toplama Kampı-35’da tanışıp dost olduğu Cole Hickson olduğunu görünce bir anlığına gardını düşürdü. Bilinç altında Raynor’ı öldürmek için programlanmış olan Hickson farkında bile olmadan silahını çekerek Jim’i vurmaya çalıştıysa da başarılı olamadı. Toplama kampında yapılan beyin yıkamalarına aşina olduğundan durumun farkında varan Jim, Hickson’ı kim olduğunu hatırlamaya zorlayarak beynine kodlanmış emri aşmasını sağladı. Tam da bu sırada protoss filosu gezegene yayılmış zerg sürüsünü temizlemek için yörüngeden bombardımana başladı; Raynor, protossların kendisine zaman kazandırmak için uzak bölgeleri hedef aldığını fark etse de en nihayetinde risk altında olduklarının farkındaydı; bu yüzden hayatta kalmak ve gezegenden canlı kaçabilmek için Savaş Domuzları ile geçici ittifak kurmak zorunda kaldılar.