Kraliçelerini kaybetmiş olan zerg sürüleri başıboş bir şekilde etrafa saldırmaya devam ederken Matt yolladığı bir nakliye gemisiyle Jim ve Sarah’yı kurtararak ikiliyi Bucephalus’a getirtti. Burada Sarah’ya ilk tıbbi bakım uygulanırken Hükümdarlık filosunun Arcturus’ta kalan yarısı Char’a ulaşarak gemileri ablukaya aldı. Kerrigan’ın kendisine teslim edilmesini emreden Arcturus, aksi takdirde ateş açmaktan çekinmeyeceğini buyurdu; Valerian bu talebi reddettiği anda iki filo arasında bir çatışma patlak verdi. Karmaşadan yararlanan Bucephalus ve Hyperion hiper-uzaya atlamayı başardı ve Ölü Adam Kayası’na giderek Mira Han’dan yardım istediler. Gemilerini buraya sakladıktan sonra Dr. Emil Narud’la buluşarak Sarah’nın tedavisi için Kirkegaard Kuşağı’ndaki Prometheus Uzay İstasyonu’na yolculuk ettiler. Bu sırada Sarah, sıklıkla Jim’le geçmiş pişmanlıklarına dair konuşarak bu yeni duruma alışmaya çalışıyordu; Jim onu her şeyin yoluna gireceği konusunda telkin etmeye devam etti. Büyük bir savaştan çıkmış olan ekip gücünü geri kazanmaya çalışırken Dr. Narud’un da aslında Arcturus adına çalıştığı ve Arcturus yeni amiral gemisi Beyaz Yıldız ile Prometheus üssüne gelmeye çalışırken onları oyalamakta olduğu ortaya çıktı. Dr. Narud iki adet melezi Raynor’ın Sarah’yı kurtarmasını engellemek için kullandı. Arcturus’un sesini duyunca öfkeye kapılan Sarah ise iki melezi birden zahmetsizce yok etti. Her ne kadar filo üsse ulaşmış olsa da Valerian, Jim ve Sarah bir kez daha kaçmayı başardılar ancak Dr. Narud bu karışıklığı fırsat bilerek Sarah’yı dönüştüren xel’naga artefakt Kilittaşı’nı alarak kayıplara karışmıştı. Artık yan yana savaştıkları için Jim’in güvenini kazanmış olan Valerian, Sarah’yı babasının bile bulamayacağı çok gizli Umoja uzay platformuna götürmeyi teklif etti. Başka çareleri olmayan Jim ve Sarah, bu teklifi kabul ettiler.

Valerian’ın bilim adamları Umoja uzayının bir parçası olan XT39323 adlı küçük gezegendeki laboratuvarda Sarah üzerinde çeşitli testler yapmaya devam ettiler. Gerekli olduğunu bilmesine rağmen bu testler Jim’i rahatsız ediyordu; bu yüzden de zerg sürülerini kontrol edip edemeyeceğini test edecekleri gün bunun son testleri olacağını ilan etti zira Sarah’yı da alarak güvenli bir yere götürmeyi ve onunla birlikte yeni bir hayata başlamayı istiyordu. Sarah, zerg sürüsünü rahatlıkla kontrol etmenin yanında Valerian’a zerg ile oyun oynamanın ne kadar tehlikeli olduğunu da gösterdi ve yarattığı zerglinglerle prensin yarattığı tüm güvenlik önlemlerini çok kolay bir şekilde aşarak bütün katı kontrol altına aldı. Valerian paniklemiş bir şekilde yenilgiyi kabul ettiğindeyse zerglerini hücrelerine geri gönderdi. Bu son testin ardından Jim ile konuşma fırsatı yakalayan Kerrigan, her ne kadar zerg kraliçesi olduğu dönemi hatırlamıyor olsa da milyarlarca insanın ölümüne sebep olmaktan dolayı duyduğu pişmanlığı dile getirdi. Jim ve Sarah’nın bu konuşması, Nova önderliğindeki Terran Hükümdarlığı birliklerinin tesise saldırmasıyla bölündü. Sarah psişik güçlerini kullanarak saldırganlarının işini hızlıca bitirdi ve Jim ile birlikte nakliye gemisine ulaşarak tesisten kaçmaya çalıştı. Fakat Archangel sınıfı bir gemi üzerlerinden geçtikleri köprüyü patlatarak Jim ve Sarah’yı ayırdı. Jim, Sarah’ya kendi gemisini alarak Hyperion’la belirledikleri buluşma noktasına gitmesini söyledi. Valerian da kendi birliklerini Jim’i kurtarmak için yollayacağının sözünü vererek Sarah’yı ikna etti. Planları pek de bekledikleri şekilde gitmedi ve Jim, Nova tarafından yakalanarak ele geçirildi.

Sarah, Phaethon yörüngesinde buluşan filoya Jim’in dâhil olmadığını görünce Valerian’ı suçladı ve saldırdı. Arcturus’un filosu bir kez daha yerlerini tespit edip üzerlerine ateş açınca Raynor’ın gemisine atlayarak Phaethon yüzeyinde bekleyen Terran Hükümdarlığı güçlerine saldırdı; bilhassa da eğer Jim buluşma noktasına sonradan ulaşabilecek olursa ona tehdit olabilecek olan Drakken topunu imha etti. Ancak gemiye dönüp Jim’in dinliyor olabileceği frekansları denediği sırada EHA’nın “Terörist James Raynor yakalanıp idam edildi” haberini gördü. Gerçekte olansa Jim’in yakalandıktan sonra Moros hapishane kruvazörüne tıkılmış olmasıydı; Arcturus, elinde Kerrigan’a karşı kullanabileceği koz varken onu kenara atacak kadar saf değildi. Yine de Arcturus’un planları çok da umduğu gibi gelişmedi. Jim’in kaybını kaldıramayan Sarah, her şeyin intikamını almak için zerg ırkının orijinal gezegeni Zerus’u buldu ve kendini bir kez daha (bu sefer kendi isteğiyle) zerg mutasyonuna maruz bıraktı. Tamamen özgür iradesine sahip “ilkel” formda yeniden doğan Kerrigan güçlerini tekrar kazanmaya, zerg sürülerini kendine katmaya başladı. Gittikçe büyüyen ordusuyla yavaş yavaş Arcturus’a yaklaşınca İmparator elindeki son kozu kullandı ve eğer Korhal’dan çekilmezse Jim’i öldüreceğini söyledi. Kerrigan geri çekilip Hyperion’a ulaştı ve Matt Horner’a Jim’in hâlâ hayatta olduğunu haber verdi. Böylece birlikte çalışarak Raynor’ın nerede tutulduğunu öğrendiler.

Moros, Atlas İstasyonu’nda yakıt ikmali yapmak için durduğunda Kerrigan gemiye saldırdı fakat İmparator Mengsk buna dair önlem aldığı için gemi otomatik olarak kendini imha etme moduna girdi. Kerrigan yine de Jim’in hücresine ulaşmayı başardı ancak Jim uğruna her şeyi ortaya koyduğu, en yakın dostlarından birini öldürdüğü kadını tekrar zerg formuna bürünmüş görünce dehşete düştü. Bunca zamandır bastırmaya çalıştığı hisleri ve Fenix öldükten sonra ettiği yemini tutmamış olmanın pişmanlığı yüzeye çıktı. Kerrigan, Jim’in silahını kendi alnına dayayıp ona hâlâ inanıp inanmadığını sordu. Tetiği çekip çekmemek için kendiyle mücadele eden Jim, hıncını duvara birkaç el ateş ederek çıkarttı. Kerrigan onu her zaman sevmeye devam edeceğini söylerken Jim ise aralarındaki ilişkinin bittiğini söyleyerek Hyperion’a, akıncıların yanına döndü.

Jim, Kerrigan’ın kararıyla hayal kırıklığına uğramış olsa da Korhal’a saldırmadan önce sivillerin tahliyesine izin vermesiyle bunun kana susamış o eski zerg kraliçesinden çok daha farklı olduğunu fark etti. Elindeki tüm güçle Korhal’ı işgal eden Kerrigan, Terran Hükümdarlığı’nın güçlerini paramparça ederek Mengsk’in sarayına ilerledi. Kendi çıkarları için onu bir canavara dönüştürmüş olan adamla yüzleştiğinde Mengsk son kozunu kullanarak Dr. Narud’un ele geçirdiği xel’naga Kilittaşı’nı kullandı ve Kerrigan’ı etkisiz hâle getirdi. Ancak Kerrigan’ın sırtını kollayan Jim, kontrol cihazını alıp kırarak Mengsk’in avantajını elinden aldı. Kendine gelen Kerrigan her ne kadar yola intikam için çıkmış olsa da onlara ve daha nicesine yaptıklarının adaletini sağlamak için İmparator Mengsk’in hayatına son verdi. Kerrigan artık özgür kalmış olan zerg sürüsüne katılmadan önce kendisine inandığı için Jim’e teşekkür etti. Jim ise bunun onun için bir zevk olduğunu söyledi ve sevdiği kadının gidişini izledi.

Bir Mengsk’in hükmü sona ererken bir diğerininki yeni başlıyordu. Valerian, Terran Hükümdarlığı’nın yönetimini ele aldı ve Raynor’ın Akıncıları’yla birlikte İkinci Büyük Savaş’ın ardından Koprulu Sektörü’ndeki terran medeniyetinin yaralarını sarmaya başladı. Jim, Hükümdarlık Silahlı Kuvvetleri’nde kumandan pozisyonuna geldi ve Zeratul’un kehanetinde bahsedilen büyük savaş için hazırlıklara başladı. Zira kehanete göre yozlaşmış sonsuz döngüyü kıracak ve yaşamı kendi inandığı şekilde yeniden yaratacak olan bir xel’naga geri dönmek üzereydi; bu xel’naga’nın adı Amon‘du.

İkinci Büyük Savaş’ın bitiminden sadece bir sene sonra Amon planlarını neredeyse tamamlamıştı. Sadık hizmetkârı Dr. Narud zerg kraliçesi Kerrigan’ın ellerinde can verdikten sonra Moebius Vakfı’nın askeri kolu olan Moebius Müfrezesi‘nden geri kalanları kendine itaat edecek iradesiz kölelere çevirmiş, gizlice yarattığı sayısı belirsiz melezi açıktan açığa ordusunun bir parçası yapmıştı. Şimdi de topladığı bu tehlikeli orduyla Kilittaşı’nı ele geçirmek için gözünü Korhal’a dikmişti. Önce Gök Kalkanı defans platformunu sabote ederek Augustgrad’a doğru düşmesine sebep oldu. Kumandan Raynor ve Hükümdarlık filosu platformun şehrin üzerine düşmesini engellemeye çalışırken çıkan karışıklıktan yararlanan Moebius Müfrezesi, Korhal Sarayı’nı istila etti. Tam bu umutsuz anda Adun’un Mızrağı gezegene vardı ve eski dostu Artanis, Jim’e yardım eli uzattı. Daelaam filosunun da yardımlarıyla Gök Kalkanı’nın düşüşünü durdurarak platformu stabil pozisyonuna döndürdüler ancak bu sırada Moebius Müfrezesi, Kilittaşı’nı ele geçirmeyi başarmıştı. Artanis bu haberi kederle karşıladı zira Daelaam filosunun Korhal’a gelme sebebi de bu artefakttı.

Moebius ve melezler hiçlik enerjisini artefakta yükleyerek bölgedeki bütün terran güçlerini sersemletmeye başladılar. Bu yüzden Hükümdarlık güçleri direkt bir saldırı yapmakta zorlandılar ancak protosslar bu etkiye bağışık oldukları için terranlara yardımcı oldular. Birlikte Moebius birliklerini Augustgrad’dan attılar ve Kilittaşı’nı geri aldılar. Daha kısa süre önce yeniden inşa etmeye başladıkları şehir yeniden harabe hâline gelmişti. Raynor yıkıntıların arasında düşmüş askerleri defnederken Artanis yanına gelerek ona cesaret verdi ve onu bir dost olarak gördüğünü söyleyerek insan adetlerinde olduğu üzere elini sıktı.

Artanis, Zeratul’un başlattığı savaşı devam ettirmek için Adun’un Mızrağı’na dönerken Raynor da tekrar Augustgrad’ın inşasına yardım etti. Ancak bu, Amon’a karşı savaşmaktan vazgeçtiği anlamına gelmiyordu. Moebius Müfrezesi’nin istilasından iki yıl sonra Kerrigan’dan Amon’a karşı yardım çağrısı aldığında Hyperion’a atlayan Jim, onu Hiçlik’in içine doğru takip ederken tereddüt dahi etmedi.

Jim, Artanis ve Kerrigan’ın birleşmiş güçleri xel’naga Amon’a karşı gelebilmek için Hiçlik denilen başka bir boyuta geçtiler. Burada onları Emil Narud ve Samir Duran adlarıyla tanımış oldukları xel’naga karşıladı ve onlara karşı koymaya çalıştı. Hayatını Duran’ın yalanları yüzünden kaybetmiş ve görülecek gayet kişisel bir meselesi olan Alexei Stukov, Duran’ın icabına bizzat bakmak istedi ve nihayet intikamını aldı. Duran/Narud’un ölümü, Amon’a karşı koyabilecek güçteki son xel’naga olan Ouros‘u serbest bıraktı. Tassadar’ın ruhu şekline bürünen Ouros, sadece Kerrigan’ın Amon’u yenebileceğini ancak bunun için önce xel’naga’ya dönüşmeyi başarması gerektiğini söyledi. Artanis ve Jim’in güçleri Hiçlik’in saldırılarını engellerken Kerrigan da Ouros’un özüyle birleşerek xel’naga formuna yüceldi. Yeni kazandığı güçle Jim’e psişik olarak bir mesaj yolladı ve birlikte geçirdikleri zamanları asla unutmayacağını söyleyerek veda etti. Böylece Amon tarafından sayısız asırdır oyuna getirilen ve yönlendirilen üç ırk son bir saldırıyla birlikte xel’naga’ya karşı koydu ve Kerrigan’ın son çabasıyla birlikte galaksiye karşı en büyük tehdidi ortadan kaldırdı.

Amon’un yenilgisinin ardından Terran Hükümdarlığı altın bir çağa girdi. Jim, Hükümdarlık’taki pozisyonunu ve akıncıları Matt’e bırakarak Mar Sara’ya geri döndü. Sonraki iki yıl boyunca sıklıkla Joey Ray’in Barı’nda yalnız başına içip eski fotoğraflara bakarken görüldü. Derken bir gün şerif rozetini barda bırakarak ortadan kayboldu ve bir daha kimse tarafından görülmedi.