Tanrıların emirlerini yerine getirmeye devam eden Kratos, Ares tarafından kuşatmaya alınmış Atina şehrine doğru yelken açtı. Ege Denizi açıklarında Ares’in ordusu ve korkunç bir hidra tarafından saldırıya uğrasa da bunlar Sparta’nın Hayaleti’ni durdurmaya yetmedi. Derken tanrıça Athena, Ares’in ordularını durdurup şehri kurtarması için Kratos’un yardımını istedi. Bu fırsatı bekleyen Kratos, onu kâbuslarından sonsuza dek kurtarma ve kefaret şansı vermeleri şartıyla bir kez daha kaderini tanrıların eline bıraktı. Atina’daki kâhinden bir tanrıyı öldürme gücünü ancak Pandora’nın Kutusu’ndan alabileceğini öğrendi ve kutunun peşine düştü; ancak Pandora’nın Tapınağı’na ulaşmak kolay değildi. Kutunun içindeki güçten korkan Zeus, tapınağı titan Cronos’un sırtına inşa ettirmişti ve Cronos da Kayıp Ruhlar Çölü’nde ebediyen gezmekle lanetlenmişti.

Kratos tapınaktaki çeşitli tuzakları ve düşmanları alt ederek ilerlemeye devam etti ve en nihayetinde Pandora’nın Kutusu’na ulaştı. Ancak Ares onun bu başarısını hissetti ve ta Atina’dan söktüğü bir sütunu mızrak gibi fırlatarak Kratos’u bir duvara mıhladı. Göğsüne koca bir sütun girmiş olan Kratos, böylece ölümü tatmış oldu; Ares’in harpiaları da bunu fırsat bilerek kutuyu Ares’e taşıdılar. Öldükten sonra Yeraltı’na yollanan Kratos, gizemli bir mezar kazıcının yardımıyla ölüler diyarından kaçmayı başardı. Atina’ya ve hayata geri dönen Spartalı, Pandora’nın Kutusu’nu tekrar ele geçirdi ve açarak içindeki gücü serbest bıraktı. Kutunun gücü Kratos’u devasa boyuttaki Ares’le eşit hâle gelecek ve ona kafa tutabilecek kadar büyüttü. Ares artık bir ölümlünün ötesinde güce sahip olan Spartalı’yı yenemeyeceğini anlayınca yine eski taktiklere başvurdu ve Kratos’un ailesini öldürme konusundaki pişmanlığını ona karşı kullanmaya çalıştı. Kratos ailesinin illüzyonunu kurtarmaya çalışırken Ares ise Kaos Kılıçları’nı savaşçının kolundan söküp aldı ve kılıçlarla ailesini bir kez daha öldürdü. Silahsız kalan Kratos, devasa bir Athena heykeline bağlı ve köprü olarak kullanılan taştan kılıcı sökerek Ares’in göğsüne sapladı. Böylece Savaş Tanrısı Ares, Sparta’nın Hayaleti Kratos karşısında düştü.

Athena’nın arzusunu yerine getirip sözünü bir kez daha tutmuş olan Kratos, yakasını bir türlü bırakmayan geçmişin kâbuslarından kurtulma sözünü tanrıçaya hatırlattı. Athena üzülerek günahlarının tanrıların gözünde affedildiğini lakin kâbusları için kimsenin bir şey yapamayacağını itiraf etti. Tanrılar tarafından bir kez daha yüzüstü bırakılan Kratos, geçmişinden asla kaçamayacağını anlayınca kendisini yüksek kayaklıkların üzerinden Ege Denizi’ne bırakarak intihar etmeye çalıştı. Athena, Kratos’un bu intihar girişimini engelledi ve onu Olimpos’a çıkartarak tanrılara iyi hizmet ettiğini ve ödül olarak onu bekleyen boş bir taht olduğunu söyledi: Savaş Tanrısı’nın tahtı.

Olimpos Dağı’nda tanrıların arasında oturuyor olsa da geçmişi Kratos’u içten içe kemirip bitirmeye devam ediyordu. Özellikle de garip bir şekilde annesinin çağrısını duyuyor olması bu durumu daha da pekiştiriyordu. Bu yüzden birşeyler yapmaya karar veren yeni Savaş Tanrısı, Athena’nın itirazlarına ve uyarılarına rağmen geçmişini araştırmaya karar vererek Atlantis şehrinde bulunan Poseidon Tapınağı’na gitti. Poseidon, Kratos’un şehre girmesini engellemeye çalıştı ve hatta bu uğurda Skylla adındaki bir yaratığı Spartalı tanrının üzerine saldı ancak Kratos yaratığı atlatmayı başardı. Şehri araştıran Kratos, en nihayetinde burada hasta annesi Callisto’yu buldu. Callisto, oğluna babasının gerçek kimliğini açıklamaya çalıştı ancak ağzından anlaşılmaz sesler çıktı. Yine de son bir gayretle ona kardeşi Deimos’un hayatta olduğunu ve ölümün diyarında işkence gördüğünü söylemeyi başardıktan sonra bir anda korkunç bir yaratığa dönüşüp oğluna saldırdı. Kendini savunmak zorunda kalan Kratos mecburen annesini öldürmek zorunda kaldı. Bir aile üyesini daha trajik bir şekilde kendi elleriyle ölüme yollamak zorunda kalan Kratos tanrılara isyan etti ancak gizemli mezar kazıcı bir kez daha karşısına çıkarak ona tanrılarla arasını bozmamasını tembih etti. Mezar kazıcının aslında babası Zeus’un kılık değiştirmiş hâli olduğunu bilmeyen Kratos, annesinin son sözleri üzerine tutsak kardeşini bulmak üzere yola çıktı fakat Atlantis’ten çok da uzaklaşamadan bir volkanın içinde tutsak tutulan titan Thera’yla karşılaştı. Athena’nın Kılıçları’nı titanın göğsüne saplayan Kratos, böylece hem titanın gücünden bir parça kazanmış oldu hem de Thera’yı serbest bıraktı. Serbest kalan titan ise volkanik patlamalar eşliğinde Atlantis’in sular altında kalmaya başlamasına yol açtı.