Kendi Umbrellasını kurmak ve yüceltmek isteyen Wesker, 2004 yılında Avrupa’da Los Illuminados tarikatının sahip olduğu Plaga isimli yeni bir parazit keşfedildiğinde onu elde etmek için vakit kaybetmeden harekete geçti. Tarikatın içine sızması için ABD Başkanının kızı Ashley Graham’i kaçırıp Avrupa’ya götürmesi görevini verdiği ajanı Jack Krauser, bu girişimi ile tarikata katılmayı başardıysa da tarikat lideri Osmund Saddler’ın güvenini kazanamadı. Wesker daha sonra Ada Wong’a da tarikata sızma görevi vererek Krauser’e destek olmasını istedi. Ancak asıl sadakati Wesker’a olmayan Wong, ona ihanet etti. Plaga’yı ele geçiren Wong, Krauser’i öldürdükten sonra parazitin sahte bir kopyasını Wesker’a gönderirken asıl paraziti, sadık olduğu „Üçüncü Organizasyon” adlı oluşuma verdi.

Ancak Wesker bu ihanetten çok fazla etkilenmedi zira Krauser’ın cesedinden elde ettiği Plaga paraziti ile hedeflerine bir adım daha yaklaşmıştı. Geçen onca zaman boyunca Wesker, bir çok virüs ve parazit elde etmiş, bunlarla birlikte kazandığı zaferler ve kurduğu ticaret ağıyla şöhretini ve gururunu yeniden elde etmişti.

2006 yılının Ağustos ayından Wesker, Spencer’ın yerini tespit etti ve Avrupa’daki Spencer Malikanesi’ne doğru yola koyuldu. En nihayetinde tekrar karşılaştıklarında Spencer, Wesker Projesi’nin ve tüm araştırmalarının amacının temelde insanları geliştirerek üstün bir ırk oluşturmak ve yaratmış olduğu bu yeni dünyada kendisinin tanrı olarak görülmesini sağlamak olduğunu dile getirdi. Ancak Spencer, planlanan her şeyi anlatırken bir konuda Wesker’a yalan söyledi: Wesker Projesi’nden tek sağ kurtulanın Albert olduğunu anlatmıştı ancak gerçek bu değildi. Alex Wesker adındaki denek de bu projeden sağ çıkabilmişti ancak Albert’in Alex’in peşine düşeceğini tahmin ettiği için bunu gizli tuttu. Wesker kendisi ve araştırmalar ile ilgili öğrendiği tüm gerçeklerden sonra Spencer’ı öldürdü. Tam bu sırada malikaneye bir operasyon düzenlemekte olan Jill ve Chris ise Wesker ile Spencer’ı öldürdüğü sırada karşılaştılar. Chris’i öldürmeye yönelik hamle yapan Wesker, onu engellemek için araya giren Jill ile birlikte uçurumdan aşağı düştü.

Düşüşten sağ kurtulan Wesker, ağır yaralanmış olan Jill’i beraberinde götürerek tedavi etti ve uzun süreli koma uykusunda tutarak gelecek planları ve amaçları için kullanmayı hedefledi.
Ancak yıllar önce her şeyin başladığı yer olarak bilinen Afrika, Wesker için de her şeyin sonu olacaktı. 2009 yılına gelindiğinde Wesker, Excella ile birlikte birçok biyolojik silahı ve Uroboros virüsünü tamamlamıştı. Fakat bunları üzerinde uygulamak istedikleri Jill’in metobolizmasındaki antikorların çok güçlüydü; bütün virüslere karşı bağışıklı ve dayanaklıydı. Virüs yerine P30 isimli ilacı kullanmaya karar veren Wesker artık Jill’i bir kukla gibi istediği şekilde kontrol edebilecekti. Uroboros virüsünü uçaklar ile tüm dünyaya yayarak kendisini dünyanın yeni tanrısı yapmayı amaçlayan Wesker, Chris ve Sheva tarafından engellenmeye çalışıldı. Uçağının bir volkan kenarına düşmesinin ardından Uroboros virüsünü kendisi üzerinde kullanan Wesker, kendisini alt etmek amacıyla inatla peşinden gelmekte olan Chris ve Sheva ile savaşmaya başladı. Ancak nefretinin ve öfkesinin kurbanı olan Wesker, uçağının düştüğü volkanda bulunan lavlara düşerek en büyük mağlubiyetini aldı ve hayata veda etti.

Ölümünün ardından haberler kısa sürede tüm dünyaya yayıldı. Fakat Wesker’ın ölümü, hiçbir şeyin sonu değildi. Bıraktığı ayak izlerini takip ederek araştırmalara devam etmek isteyen başka insanlar da vardı.