1996 yılının Nisan ayında Raccoon Şehri’ne dönen Wesker, özel polis kuvvet kolu olan S.T.A.R.S. ekibinin lideri oldu ve geçen iki yıl süresince iki taraflı oynayarak karşı istihbarat faaliyetleri ile Umbrella şirketinin yasa dışı aktivitelerini gizlemiş oldu.

22 Temmuz 1998 tarihinde Arklay laboratuvarında gerçekleşen T-Virüsü sızıntısının ardından Wesker, Biyo Organik Silahlar’ın test edilmesi ve beraberinde bilgi toplanması için görevlendirildi. Wesker’ın gerekli verileri toplayabilmesi için halihazırda elinde mükemmel bir ekip olan S.T.A.R.S. vardı. Böylelikle hem araştırmalarını test edebilecek hem de Arklay Laboratuvarı ve S.T.A.R.S. ekibinden kurtulmuş olacaktı.

23 Temmuz günü gerçekleşen Ecliptic Express kazası ile birlikte Umbrella’nın yasal olmayan biyo organik silah çalışmaları, yavaşça gün yüzüne çıkmaya başladı. Şirketin güvenliğinden sorumlu olan Sergei Vladimir, Wesker’ın olası bir ihanet yolunda olduğunu düşünerek harekete geçti ve Umbrella’nın süper yapay zekası Kızıl Kraliçe’yi kullanarak bunun önüne geçmek istedi. Bu sırada Albert Wesker ise kendi sahte ölümünü tezgahlayıp Umbrella’nın tüm araştırmalarıyla beraber rakip firmaya kaçmayı planlıyordu. Sergei’in durumu önceden farketmesiyle, Wesker’ı öldürmek üzere Ivan isimli Tiran görevlendirildi ancak Wesker bir şekilde kaçmayı başardı.

24 Temmuz günü S.T.A.R.S. ekibinin BOW ile karşılaşmasını test etmek ve gerekli verileri toplamak isteyen Wesker, sonunda Arkly Laboratuvarına ulaşabilmişti. Birçok farklı biyo organik silah karşısında direnen S.T.A.R.S. ekibi ağır kayıplar verdi ve aralarından sadece Chris Redfield, Jill Valentine, Barry Burton ve Brad Vickers hayatta kalabildi. Sonunda Wesker, S.T.A.R.S. ekibi ile yüzleşip tüm planlarını ve niyetini kalan üyelere anlatırken, bir yandan da kilit altında tutulan Tiranı serberst bırakarak öldürülmelerini amaçladı. Ancak hayatta kalanların yeteneklerini küçümseyen Wesker’ın planladığının aksine ekip, başarılı bir şekilde Tiranı öldürebildi. Ekip tesisi zamanında terk ederek kendi kendini imha etme prosedüründen de kurtulabilmişti.

Öte yandan Wesker, planlarını S.T.A.R.S. ekibi ile paylaşmadan önce eski dostu Birkin ile görüşmüş ve ondan prototip bir virüs almıştı. Umbrella şirketinin araştırmalarını çalma girşimi Sergei tarafından önlenmişti ve planları suya düşmüştü. Wesker, onurunu ve gururunu bir kenara bırakarak G-Virüsünün geliştirilmesinde önemli rol taşıyan eski dostu Birkin’e ulaşmış ve kendisine G-Virüs enjekte ederek daha güçlü olmayı amaçlamıştı. Bu virüsü kendine enjekte eden Wesker, öncelikle Tiranı kendisine saldırtarak intihar etti. Bunu yapmasının ardındaki sebep ise kullanmış olduğu virüsün kendisine yeniden hayat vermesini, normal bir insanın kabiliyetlerinin çok üzerinde özellikler kazandırararak süper insana dönüştürmesini sağlamaktı. Virüs etkisini gösterdiğinde hayata yeniden gözlerini açan Wesker artık daha fazla nefret doluydu. Ancak bu deneysel virüsün dengesiz hallerinden dolayı düzenli olarak belli dozlarda ilaç almak zorundaydı zira aksi taktirde ya kazanmış olduğu tüm yetenekleri kaybedecek ya da ölecekti.

Gerçekleşen olayların ardından Wesker, bir süre boyunca yakın çevresi dışında kalan dünyada ölü olarak bilindi. Umbrella Hunk kod isimli ajanını Birkin’i bulup öldürmesi ve G-Virüsü araştırmasını ele geçirmesi için görevlendirdi. Hunk görevi başarı ile tamamlamak üzereyken ölümün kıyısında olan Birkin, G-Virüsünü kendisine enjekte etti ve canavarımsı bir mutasyon geçirdikten sonra karşısına çıkan herkesi öldürdü. Bu olay, aynı zamanda aşırı düzeyde T-Virüsü’nün Raccoon Şehri’ne yayılmasına sebep oldu. Kazanın gerçekleşmesinin hemen ardından Wesker, Ada Wong isimli ajanı şehre göndererek Birkin’in araştırma sonuçlarını saklamış olduğu ve kızı Sherry Birkin’e ait olan kolyeyi bulması için görevlendirdi. Öte yandan Amerika Birleşik Devletleri ise kaza sonucu ortaya çıkan bu felaketin yayılmasını önlemek üzere Raccoon Şehri’ne nükleer başlıklı füze fırlatarak şehri yok etme kararı aldı.