1998 yılının Aralık ayına gelindiğinde Wesker, t-Veronica isimli virüsün taşıyıcısı Alexia Ashford’un Umbrella şirketinin Güney Pasifik Okyanusu’nda bulunan Rockfort Adası’nda görüldüğüne dair istihbarat aldı. Bunun üzerine oluşturmuş olduğu özel harekat timini harekete geçirerek Rockfort Adasına operasyon başlatan Wesker, operasyon sırasında T-Virüsünü ve çeşitli biyo organik silahları kullanarak planlarını gerçekleştirmekte başarılı oldu. Wesker ve ekibi tüm tesisi detaylı bir şekilde aramalarına rağmen Alexia’yı bulamamış olsalar da sürpriz bir şekilde Chris Redfield’ın kız kardeşi Claire Redfield ile karşılaştılar. Böylesine bir fırsatı kaçırmak istemyen Wesker, Alexia’yı bulabilmek adına Claire’i koz olarak kullanmaya karar verdi. Kız kardeşini kurtarmak için Rockfort Adasına ulaşan Chris, Wesker’ın insan üstü yeteneklerinden habersiz bir şekilde çatışmaya başladı ve kaçınılmaz bir şekilde alt edildi. Çarpışmanın ardından Wesker, Claire ve Alexia’nın birlikte çoktan Umbrella’nın Antartika Tesisine doğru yola çıktıklarını farkedince hemen peşlerine takıldı. Antartika’ya ulaşan Wesker hiç bir şekilde t-Veronica virüsünü elde edemeyince Steve Burnside’ın cesedini alarak adadan kaçmaya çalıştı; fakat yolu yine Chris ile kesişen Wesker, öncelikle Chiris ile konuşup onu kandırarak alt etmeye çalıştı. Ancak bu denemesinde başarısız olunca tekrar birbirlerinin yakalarına yapıştılar. Wesker’ın üstün yeteneklerine karşı çaresiz kalan Chris, sonunda kaçmaya karar verdi ve çarpışma sırasında yaşanan patlamalar sayesinde bunu yapmayı başardı.
2002 yılına gelindiğinde Güney Amerika uyuşturucu karteli „Sacred Snakes”in lideri Javier Hidalgo, Wesker ile iletişime geçti. Hidalgo’nun söylediğine göre eşi Hilda ağır bir hastalığın pençesine düşmüş, eski bir Umbrella araştırma görevlisi de kendisine T-virüsünü satmıştı; ancak bu olay korkunç sonuçlar doğurmuştu. Kızı Manuela da aynı hastalığı taşıdığından bir çözüm yolu arayan Hidalgo, Wesker’den yardım istedi. Wesker ise oldukça yüklü bir ödeme ve uyuşturucu tacirliğinden kazandıkları üzerinden hisse edinme sözünü aldıktan sonra Hidalgo’ya t-Veronica virüsünü sattı.
Javier Hidalgo
2003 yılının Şubat ayında Kafkasya bölgesinde gerçekleşen bir takım cinayetler ilgisini çektiğinde Wesker, Rusya’ya doğru yola koyuldu. Aynen tahmin ettiği gibi bu cinayet olaylarının arkasında Umbrella’nın Rusya Tesisi bulunmaktaydı. Umbrella’nın son ve en güçlü kozu olarak yaratmış olduğu ve kendisinin de yok etmek istediği TALOS, normal bir Tiran’dan farklı olarak yüksek teknoloji silahlara ve zırhlara sahip olmasının yanında kendi bilincine sahip olan üstün bilgisayar Kızıl Kraliçe tarafından kontrol ediliyordu. Başarılı bir şekilde tesise sızan Wesker kendisiyle aynı zamanlı operasyon düzenleyen Chris ve Jill ile de karşılaşmış oldu. Sergei Vladimir tesise sızan konuklarına hoş geldin hediyesi olarak TALOS’u sunduğu sırada çoktan harekete geçmiş olan Wesker, Sergei’yi buldu. Jill ve Chris TALOS’a karşı verdikleri mücadeleden zaferle çıkmayı başarırken Wesker ise kendisine T-Virüsü enjekte etmiş olan Sergei ile çarpışmaya koyuldu. Her ne kadar virüsün etkisiyle mutasyon geçirip çeşitli güçler edinse de Sergei, Wesker’ın gücüne denk olamadı ve öldürüldü. Böylelikle Wesker uzun zamandır gerçekleştirmek istediği hayalini hem Sergei Vladimir’i öldürerek hemde Kızıl Kraliçe’yi ele geçirerek tamamlamış oldu. Artık Umbrella’nın ana bilgisayarına sahip olan Wesker, ilk iş olarak şirketin yasa dışı gerçekleştirdiği tüm işlemleri ve araştırmaları Amerikan Birleşik Devletleri’ndeki mahkemelere gizli bir tanık sıfatıyla sunarak şirketi iflasa sürükledi.
Umbrella’nın yok edilişinin ardından Wesker, TRICELL isimli başka bir şirketin ilaç bölümü yöneticisi Excella Gionne ile görüşmelere başladı. Böylelikle Excella, Wesker’dan virüsleri tedarik ederek TRICELL şirketinde gizlice yürütülecek yeni araştırmalar ve biyo organik silah çalışmalarını başlattı.
