İnsanların günlük yaşantıları, hayatları, vücutları ve bütün dünyaları Tokyo’nun göğünde ortaya çıkan devasa bir varlık ve ona karşı savaşmaya çalışan, kırmızı bir ejderhaya binen bir şövalyeyle birlikte değişti. O gün ortaya çıkan ve tüm dünyayı derinden sarsan krize karşılık doğru kararlar verilseydi, insanlık belki de şu an Ay’da yaşıyor ve Dünya’yı makinelerden kurtarmaya çalışıyor olmazdı. Yüzlerce, hatta binlerce yıl boyunca o ejderhanın nereden geldiğini ve dünyayı yok etmeye başlayan hastalığın sebebini öğrenmeye çalıştılar. Elde edilen veriler ve teoriler ile birlikte birbirinden bağımsız farklı boyutların olabileceğine kanaat getirildiğinde artık her şey daha da anlaşılabilir olmuştu. Dünyanın kaderini çok uzak bir diyar olan Midgard’da gelişen olaylar değiştirmişti.

Midgard ve o toprakların huzur içerisinde yaşamaya çalışan insanları, aniden gerçekleşen depremler ve gökyüzünde ortaya çıkan devasa bir şehir yüzünden korkuya kapılmışlardı. Sonraları Katedral Şehri olarak anılacak olan bu şehir, dünyaya Gözlemci isimli varlıkları ve Ejderhalar’ı beraberinde getirmişlerdi. Gözlemciler tarih boyunca insanlar tarafından İsimsizler, İblisler ve nihayetinde de Tanrılar olarak anılmışlardı. Katedral Şehri’nin Midgard’da aniden ortaya çıkmasının, Tokyo’nun göğünde Ejderha ve ‘Gözlemci’nin belirmesine fazlaca benzediği bilinmekle birlikte gerçekleşen bu olaylara asıl ‘Tanrılar’ tarafından karar verildiğini düşünülmektedir. Midgard kaynaklarına göre Tanrılar, Gözlemciler’i ve Ejderhalar’ı dünyayı yönetmeleri ve insanoğlunu yok etmeleri için göndermişlerdi. Ejderhalar’ın ve Gözlemciler’in ortaya çıkması ile birlikte zamanla hayat değişmiş, insanlık Midgard’ın faşist yöneticileri altında ezilmeye başlamıştı.

Hem Midgard’ın hem de dünyanın kaderini değiştirecek kişi ise Zero lakabıyla anılan bir kızdı. Gümüş saçlara sahip olan Zero, daha çocuk yaşta öz annesinden işkence görmüş, hayat kadınlığı yapması için başkalarına satılmıştı. Hayatın çirkin yüzüyle daha küçük yaşta tanışan Zero, hayatta kalmak ve o yaşamdan kurtulmak için hırsızlık yapmaya başladı. İnsanlara güvenemeyen Zero, bir noktada çalışmak zorunda kaldığı yerdeki herkesi öldürüp kaçmanın planını bile yaptı. Bu planı gerçekleştirmeyen ancak yanına alabileceği tüm para ile kimsenin onu tanıyamayacağı bir şehre kaçan gümüş saçlı kız, burada ismini hatırlayamadığı bir adamla karşılaştı. Bu adam onun çalıştığı yerin patronuydu. Zero’yu evine alan ve ona yeni bir yaşam sunmaya çalışan patron, gümüş saçlı kızı derinden sarsmıştı. Ona bu çirkin hayatı yaşatan herkesi öldürmek isteyen Zero, nefretini alevlendiremedi. Hayatındaki belki de en nefret ettiği insanı affetti. Çocukluğundan beri işkence gören ve kendisini değersiz hisseden Zero, sahibinin evinde mutlu ve huzur dolu yaşam sürmeye başladı. Ansızın, nedeni bilinmeyen ölümcül bir hastalığa yakalanana kadar…

Bu hastalığa sebebiyet verenin Katedral Şehri’ndeki Kara Çiçek olduğu tahmin edilse de Zero’nun kaderi aslında o yıllarda bilinmeyen varlıklar tarafından çoktan şekillendirilmişti. Zero’nun durumunu fark eden patronu ise onu terk etmeden önce başkalarına satmaya çalıştı ve bu durum, hayata tutunmaya çalışan kızın duygularının değişmesine sebep oldu. Öncesinde patronunu öldüremeyen Zero, bu sefer acımasız ve korkusuz davrandı. Huzur içinde yaşamaya ve geçmişi unutmaya çalıştığı o ev, patronunun kanı ile süslendi. Hayattan ve kimseden beklentisi olmayan Zero, istediklerini elde etmek için insanları acımasızca öldürmesiyle tanındı ve nihayetinde de yakalanıp hapse atıldı. Hastalığına karşı direnemeyen Zero, bu sıralarda kendisi gibi işkence görmüş beş farklı kızla aynı koğuşta kaldı ve son günlerini huzur içinde geçirmeye çalıştı. Ancak koğuştaki kızlar birer birer ölmeye başladığında başına gelecekleri tahmin etmişti. Koğuşta geriye kalan son kişi olduğunda, kırmızı gözleri yerden filizlenen pembe bir çiçeğe dikildi. Zero, hayatının burada sonlanacağını düşünse de filizlenmekte olan pembe çiçek ona bir şans daha verecekti.

Zero’nun cansız bedeninde kök salan ve gümüş saçlı kıza yeniden yaşama şansı veren bu çiçeğin nereden geldiği tam olarak bilinmese de Katedral Şehri’nde mühürlenmiş olan Kara Çiçek’in bir parçası olduğu tahmin edilmekteydi. Zero’nun sağ gözünde kendisini gösteren ve cansız kıza hayat veren bu çiçeğin amacı ise insanlığı yok etmek ve beraberinde Zero’yu da yaşayan bir silaha dönüştürmekti.

Bu minik pembe çiçeğin, Ejderhalar ile eşdeğer güçte olduğundan bahsedilmekle birlikte sadece bir ejderhanın bu güce karşı koyabileceği de Mikhail isimli ejderha tarafından belirtilmişti. İnsanlığı yok etmek ve pembe çiçeğin bir kuklası olmak istemeyen Zero, çiçeğin bu kadar basit bir şekilde ölmeyeceğinden habersiz şekilde oracıkta intihar etti. Gümüş saçlı kızın kendisine itaat etmeyeceğini fark eden Pembe Çiçek ise koğuştaki diğer kızları dirilterek onları birer ‘Intoner’ isimli kutsal varlığa dönüştürdü. Zero’ya bahşettiği gücü parçalara bölerek her Intoner’a farklı bir güç adayan Pembe Çiçek, amacına ulaşmaya başlamıştı. Çiçeğin kendisine bağlı olduğunu gören Zero, ortaya çıkan Intonerları fark etti ve dünyanın yok olmasına karşı ‘kız kardeşleriyle’ savaşmaya ant içti. Intoner’lar her ne kadar Midgard’daki faşist düzeni yok etmiş ve huzuru getirmiş olsalar da aslında Gözlemciler’in, hatta Tanrılar’ın birer kuklalarıydı ve amaçları insanlığı yok etmekti. Göklerden insanlığa hizmet için geldiklerini belirtseler de Pembe Çiçek’in ortaya çıkardığı savaş meleklerinden başka bir şey değillerdi ve bu tehdide karşı sadece Zero ve partneri Mikhail isimli bir Ejderha durabildi.

Ancak ejderhası ile dünyamıza istemsizce gelen kişi Zero değildi. Intonerları ve vücudundaki çiçeği Mikhail’in gücünü kullanarak yok edebilen Zero, kimi kayıtlara göre ölmüştü. Gökyüzünden geldiği söylenen bu koruyucuların yok olmasıyla birlikte Gözlemciler’e inanan ve Yok Oluş Tohumları’nı ortaya çıkartarak dünyayı yok etmek isteyen İmparatorluk, Midgard’ı ikiye bölmeye başladı. Böylelikle Birlik ve İmparatorluk olarak farklı saflara ayrılan Midgard, bitmek bilmeyen bir savaşa tanık oldu. Bir yanda Tanrılar’ın hizmetçisi olan Gözlemciler’i yeniden dünyaya getirmek isteyen İmparatorluk, öte yanda da insanlığın kendisi için savaşmakta olan Birlik…