Overmind’ın ölümü, zerg sürüsünü bir süreliğine yatıştırmış olsa da tamamen sonlandırmaya yeterli olmamıştı. Amaçsız bir şekilde yıkıma devam eden zerglere karşı direnmekte zorlanan protossları kurtarmak için Zeratul oldukça umutsuz bir çözüm önerdi: Son işlevsel Warp Geçidine ulaşarak Dark Templar gezegeni Shakuras’a kaçmak…

Geçide ulaşıp tahliyeye başladıktan sonra Artanis, Zeratul ve Aldaris geçitten geçerken Fenix ve Raynor’ın birlikleri geride kalarak geçidi savundu. Ancak geçitten geçen sadece protoss olmadı, zerg sürüsünün bir kısmı da Shakuras’a ulaşmayı başardı ve Aiur tarafında kalmış olan birliklerle olan bağlantı kesildi. Praetor rütbesine terfi eden Artanis, Fenix ve Raynor ile tekrar bağlantı kurulana kadar Shakuras’a geçmiş olan zergler tarafından işgal edilmiş geçidi güvenceye almakla görevlendirildi. Bir süre sonra bağlantı geri kurulduğunda Raynor’ın, zerglerin Shakuras’a daha fazla geçmesini önlemek amacıyla geçidi Aiur tarafından kapatmayı planladığını öğrendiler. Fenix de bu sırada Raynor ve yağmacılarına eşlik etmek için Aiur’da kaldı.

Aiur’da kalan Fenix ve Raynor, New Gettysburg’de zerg istilasının ortasında kaldıktan sonra zergleşmiş olarak tekrar doğan Kerrigan ile kontakt kurdular. Kerrigan onlara yeni Overmind hakkında bilgiler vererek Birleşmiş Dünya Direktörlüğü‘nün de bu yeni Overmind’ı ele geçirme amacı olduğunu söyledi. Kerrigan’dan alınan bilgiler ışığında İmparator Arcturus Mengsk, BDD’nin elinden kurtarılarak Aiur’a getirildi. Ancak BDD, Mengsk’i Aiur’a kadar takip etmeyi başardı. Kısa süreliğine Fenix’in mülteci karargahında saklanan Mengsk, zerg ve BDD’nin durmak bilmeyen saldırıları sonucunda bir Warp Geçidi’ni kullanarak kaçmak durumunda kaldı.

Bir süre sonra Kerrigan, Fenix ve Raynor’la bağlantı kurarak BDD’ye karşı bir kez daha ikisinin yardımını istedi. Böylece Fenix, Raynor, Kerrigan ve Mengsk, Overmind’ın kontrolünü ele geçirmiş olan BDD’ye karşı bir kez daha zorunlu bir ittifak kurdular. Fenix hiçbir zaman tam anlamıyla Kerrigan’a güvenmemiş olsa da bu konuda Raynor’un liderliğini takip etti.

Kerrigan diğerlerini, Korhal’ı BDD’nin elinden kurtarmak için daha fazla zerge ihtiyaç duyduğu konusunda ikna etti. Kerrigan’ın ihtiyaç duyduğu orduyu kurmak için sektördeki en kaynak zengini gezegen olan Moria’ya baskın düzenledi. Kel-Moria Birliği’ne karşı yapılan bu saldırıya bizzat Fenix liderlik yaptı. Yeterli kaynağı elde eden grup, böylece Tarsonis’e doğru yol aldı…

En nihayetinde BDD’yi yenilgiye uğratan Kerrigan, ittifak kurmuş olduğu Fenix ile Mengsk’in ileride kendisine bir tehdit oluşturabileceğini düşünerek ittifak karargahlarını yok etmek için saldırıya geçti. Bu ihanet karşısında hiç de şaşırmayan Fenix, gücünün son kırıntısına kadar savaştıysa da ikinci kere zerg sürüsü karşısında düşmekten kurtulamadı. Efsanevi protoss savaşçısı böylece Khala’nın sonuna erişirken, attığı o meşhur savaş narası bir çoğumuzun zihninde yankılanmaya devam etti:

“Hiç bir düşmandan korkmam çünkü gücüm Khala’dır… Ölümden korkmam çünkü kudretimiz ebedidir…”