Derken Altın Çağ’ın son demleri ile birlikte ilk problemler baş göstermeye başladı. Ejderhamsı pullu bir yaratık türü olan Ahamkara ve Venüs üzerindeki kadim kalıntıların sahibi olan robotik ırk Vex üzerine araştırmalarda bulunan Dr. Maya Sundaresh ile ekibi, uzun uğraşlar sonunda aktif bir Vex yakalamayı başardılar. “Denek 12” adını verdikleri Vex’i araştıran ekip, çok geçmeden deneklerinin kendileri hakkında her adımlarını harfi harfine tahmin eden bir simülasyon yürüttüğünü fark ettiler. Gerçekliğin sınırlarıyla ilgili filozofik tartışmaların ardından denkleme Vex’in simüle edemeyeceği bir katman ilave etmenin iyi bir fikir olacağına karar verdiler ve böylece Venüs’e bir savaşzihni getirdiler. Bu plan gerçekten de işe yaradı ve Vex’in savaşzihni gibi komplike ve gelişmiş bir yapay zekâyı tahmin edemediği ortaya çıktı. Ancak Vex’in simülasyonu, Dr. Maya ve ekibinin aklına girmeyi başarmıştı. İştar’daki olaydan yaklaşık kırk sene sonra başka bir araştırma ekibiyle birlikte Vex geçit ağını taklit ederek geleceğe bakış atmaya çalışan Maya ve ekibi, Gelecek Savaşı Tarikatı’nı kurdu. Ancak cihaz, kullananların akıl sağlığı için iyi değildi; çok geçmeden Dr. Maya’nın ekibi aklını yitirmeye ve cihaza bir tanrı gibi tapmaya başlayınca tarikat da dağıldı.

Bu sırada Dünya’da ise uzayda uzun mesafeli sıçrama yapabilen Kestrel sınıfı ilk gemilerin prototipleri ortaya çıkıyordu. Clovis Bray şirketi, Güneş Sistemi’ne daha hızlı yayılabilmek ve kolonileşmeyi kolaylaştırmak amacıyla istenilen herhangi bir forma programlanabilen ve kendi kendini çoğaltabilen nanoteknoloji ürünü olan SIVA’yı yarattı. Rasputin’in alt zihinlerinden biri olan Malahayati ile Dünya’nın yaşayabileceği olası bir istilayı ve Gezgin’in en başından dost değil de düşman olması durumunda neler yaşanabileceğine dair senaryoları tartışan General Chen Lanshu, SIVA’yı askeri amaçlarla kullanmak ve kolonileşme programlarını hızlandırmak için Willa Bray’i sıkıştırmaya başladı. SIVA yüklü gemi Exodus Black, insanlık için yeni bir yuva yaratmak amacıyla Nessus’a doğru yola çıktı; Gezgin ise Jüpiter’in aylarından Io’yu şekillendirmeye başladı. Dünyamızın Ay’ında ise İlk Işık kolonisi, yüzeyin altındaki tünelleri araştırırken Endoparazitleri keşfetti; ancak bu keşfin haberini dahi veremeden Endoparazitler tarafından tamamen yok edildi.

Böylelikle Altın Çağ sona erdi; Gezgin’in parlak ışığı yaklaşan karanlığın gölgesinde kaldı ve “Çöküş” olarak anılacak çağ başladı. Felaketin ayak seslerini ilk fark eden Rasputin oldu. Gelecek Savaşı Tarikatı’nın geride bıraktığı teknoloji yardımıyla Güneş Sistemi’ne tanımlanamayan bir “şeyin” yaklaştığını keşfetti. Yaklaşan şeyin bir tehdit olduğuna karar verdikten sonra Gezegen Savunma Ağı’nın kontrolünü ele aldı. Aynı tehdidi algılayan Gezgin, Io’yu şekillendirme işini yarım bırakarak Dünya’ya geri döndü.

Yaklaşan tehdit Gezgin’in kadim düşmanı Karanlık’tı. Rasputin, yıldızları bile parçalayabilecek güçteki silahları kullanarak Karanlık’ı yavaşlatmaya çalıştı ancak başarılı olamadı. Bu sırada Göç projesi başlatıldı ve mümkün olduğu kadar çok insan, gemilerle Karanlık’tan olabildiğince uzağa kaçabilmek için Dünya’yı terk etti. Lakin Karanlık önüne çıkan her şeyi yok ederek ilerleyişine devam ediyordu ve buna kendisinden kaçmaya çalışan sivil gemiler de dâhildi. Bu çaresiz kaçış sırasında parçalanan gemilerin enkazı bugün bile astroid kuşağında ürkütücü bir şekilde süzülmektedir.

Yaklaşmakta olan bu korkunç düşmana karşı çaresiz kalan Rasputin, son çare olarak olur da bu savaştan kaçmaya kalkarsa diye en güçlü silahlarını Gezgin’e çevirdi. Ancak Gezgin kaçmadı ve kalıp savaşmayı tercih etti. Rasputin ise bütün çabaları boşa gittiği için acil durum protokollerinden birini devreye sokarak kendini korumak adına tüm sistemini kapattı ve milyarlarca insanı yok olmaya terk etti. Karanlık’ın gelişini sezen uykudaki Vexler ise Merkür, Venüs ve Mars’ta uyanmaya başlayarak civardaki gezegenleri şekillendirmeye başladılar. Merkür sadece birkaç gün içerisinde koca bir makineye dönüştü. Gezgin bir yandan Dünya’yı korumaya çalışırken bir yandan da Vexlerin yayılmasını biraz olsun yavaşlatmayı başardı.

İşler iyice umutsuz gitmeye başladığı sırada Altın Çağ Dünyası’nın sembolünü taşıyan ancak tanımlanamayan bir gemi ortaya çıktı ve içindeki exo askerlerle birlikte Vex’e karşı muazzam bir savaşa girişti. Fakat Exoların tüm müdahalelerine rağmen Karanlık üstün gelmek üzereydi. Kadim düşmanını başka türlü yenemeyeceğini anlayan Gezgin, onu durdurmak için kendini feda etti; ancak insanlığa son bir hediye vermeyi de ihmal etmedi ve Hayaletleri yarattı. Gezgin’in Işık‘ıyla dolu bu minik dronlar, süregelen karanlık ve çaresiz anlarda insanlığa tekrar umut aşıladılar. Hayaletler, ölmüş milyarlarca insan arasından Gezgin’in Işık’ını silah olarak kullanabilecek ve Karanlık’a karşı koyabilecek olanları arayıp buldular. Onları hayata geri döndürdüler ve böylece önce Dirilenler, sonra Işık-Taşıyan ve son olarak da Gardiyan olarak bilinecek savaşçılar doğmuş oldu. Bununla birlikte son nefesini veren Gezgin’in bazı parçaları, Avrupa Ölü Bölgesi’ne düşerken hareketsiz sureti de gökyüzünde asılı kaldı.