Sinirlenen, korkan ve kendisinin gerçekte ne olduğunu bilmeyen Sephiroth, Nibelheim’da bulunan ve kimsenin girmediği Shinra malikanesine sızarak kendisini buradaki kütüphaneye kilitledi. Nereden geldiğini ve neden var olduğunu soruşturan Sephiroth, burada Cetra ırkı ve Jenova Projesi hakkında birçok yazı ve kayıt okuyarak kendisine neden bunca yıl yalan söylendiğini de düşündü. Hayal kırıklığı ve ihanet hisleri kalbine saplanan Sephiroth, sağlıklı düşünemediğinden Jenova’nın Cetra olduğuna ve kendisinin de Cetra ırkının son veliahtı olduğuna inandı. Jenova’nın hayatta kalan son oğlu olduğuna inanan Sephiroth, insan ırkının 2000 sene önce Cetra’ya ihanet ettiğini öğrendiğinde ise aklını tamamen kaybetti. Cetraların tamamen yok olmasına sebep olan insanlar, sadece kendilerini düşünmüş ve Gaia’nın asıl halkı olan bu ırkı ölüme terk etmişlerdi. Ataları için intikam alacağına yemin eden Sephiroth ise kendisini artık geri dönülemeyecek bir karanlığın içine bıraktı.

Tarihte 1 Ekim Nibelheim Kazası olarak geçen o olay da böylece vuku buldu. Sephiroth, Nibelheim halkını tamamen katledip bütün evleri ateşe verdi. Öfkesini bastıramayan ve insanlardan ölesiye nefret eden Sephiroth, yavaş ancak emin adımlarla Mako reaktörüne doğru ilerledi; amacı ise annesi Jenova’yı kurtarmaktı. Köyün yandığını ve herkesin katledildiğini gören Tifa, Cloud ve Zack ise Sephiroth’u durdurmak için yola çıktılar.

Sephiroth’un odachi’si Masamune’yi gören Tifa, silahı alarak Sephiroth’a saldırmayı denese de yaralandı. Tifa’nın yaralandığını gören Zack ise sinirlenerek kendisini Sephiroth’un karşısına attı ve tüm bu yaptıklarının arkasında ne gibi bir sebep olduğunu sordu. Sephiroth’un artık eskisi gibi olmadığını ve kendisini öldürmeye kararlı olduğunu fark eden Zack, her ne kadar Sephiroth ile çarpışsa da bu kadar nefret ve kinle savaşan eski-ASKER’i durduramadı. Tifa’nın yerde yaralı yattığını gören Cloud ise Zack’in devasa kılıcı Buster Sword’u alarak Jenova’nın karşısında donakalmış olan Sephiroth’u şaşırttı ve kılıcı ona saplamayı başardı. Jenova’yı bulunduğu kapsülden çıkartan Sephiroth, içindeki kılıcı da yerinden sökerek Cloud’a ilerledi ve Masamune’yi sapladı. Her nasıl olduğu bilinmese de Cloud’un da o noktada içindeki Masamune’yi kaldırarak Sephiroth ve Jenova’yı Mako Reaktörüne fırlattığı ve bu şekilde de Sephiroth’u öldürdüğünden bahsedilir. Ancak Sephiroth ve Jenova’nın Mako reaktörünün dehlizlerindeki yaşam enerjisine karıştığı çok daha doğrudur.

Gelişen bu olaylardan haberdar olan Shinra, Zack, Cloud ve Tifa’yı alarak olayı örtbas etmeye çalışmakla kalmayıp Nibelheim’ı da yeniden inşa etti. Çalışanlarına orada Nibelheim halkı gibi yaşamaları için para dahi veren Shinra bilim adamları ve Hojo, Cloud ile Zack’in taşıdıkları potansiyelini fark ederek ikisine de Sephiroth’un genlerini aşıladılar. Sephiroth’un o dönemde neler yaşadığı neredeyse belirsizdir. Kendisinin Hayat Akımı’nda nefreti ve inancı ile hayatta kaldığı ve buradaki sayısız ruhtan güç ve bilgi edindiği söylenir.

Akımın kuvvetiyle vücudunun bir kısmını kaybeden Sephiroth, kendisini Kuzey Krateri’ne taşıyarak Mako enerjisi ile vücudunu yeniden oluşturmayı ve nihayetinde de Hayat Akımı ile tamamen birleşerek Gaia’nın yaşayan tanrısı olmayı amaçladı. İçindeki Jenova hücrelerini kontrol edebilen Sephiroth, bu hücreye sahip olan kişileri de kontrol edebileceğini keşfetti. Bu fikirle ilerleyen Sephiroth, bu kişileri de yanına çekmek için planlar yapmaya başladı. Hojo’nun bir teorisine göre Sephiroth, Jenova’nın hücrelerine sahip olan kişileri kendi yanına çağıracak ve vücutlarını ele geçirerek kendisini diriltecekti.

Beş sene boyunca Kuzey Krateri’nde saklanan ve bedenini eski hâline getirmeye çalışan Sephiroth, Aralık 0007’de planını gerçekleştirmesi gerektiğine karar kıldı. Gaia’ya yayılmış bütün Jenova hücreli kişileri yanına çağırarak bir olmaları gerektiği mesajını veren Sephiroth, Shinra’nın ana merkezinde bulunan Jenova’nın kalıntılarının kontrolünü alarak bunu kendi yaşam formuna da çevirdi. O anda Shinra ana merkezinde bulunan ve Nibelheim’da yaşadığı hafıza kaybından ötürü kendisini eski-ASKER olarak tanıtan Cloud’un kaçmasına izin verdi. Cloud’un HEYELAN direnişine üye olduğunu ve Jenova hücreleri taşıdığını fark eden Sephiroth, intikam almak için Shinra’nın Başkanı’nı da öldürerek oradan uzaklaştı. Masamune’yi gören Cloud, yıllar önce öldüğünü zannettiği Sephiroth’un hayatta olduğunu anladı ve HEYELAN ekibindekileri onu bulmaları gerektiğine dair ikna etti.