Kendilerini “HEYELAN” olarak isimlendirilen Shinra karşıtı direniş örgütünün ortaya çıkması ve insanları yanlarına alması ile birlikte Sephiroth, kendisini bir görevin tam ortasında buldu. Shinra’nın yaptığı kötülükleri insanlara anlatarak bu düzeni bozmak isteyen HEYELAN’a karşı duran Sephiroth, örgütün lideri Elfé ile karşılaştığında, içindeki bazı şeylerin eskisi gibi olmayacağından tamamen habersizdi. Elfé’nin güçlü karakterinden etkilenen Sephiroth, daha önce böylesine kuvvetli bir kadınla karşılaşmadığını söyleyerek etkilendiğini açıkça belirtti. Ancak Sephiroth’u Shinra’nın bir piyonu olarak gören Elfé, karşısındaki platin saçlı korkusuz savaşçıya bir amaç için mücadele etmediğini ve sadece bir kukla olduğunu söyleyerek Sephiroth’un da kendisini sorgulamasını yol açtı.
Hem arkadaşı Genesis’i kaybeden hem de hayatında bir amacı olmadığını fark eden Sephiroth, ruhen kendisini yıpranmış hissetti. Yıllarca Shinra için savaşan ve birçok insanın idolü olarak hayalleri süsleyen Sephiroth, boşlukta olduğunu hissettiği hayatında bazı şeyleri değiştirmesi gerektiğinin de ilk defa farkına vardı. Kendisiyle yalnız kaldığı bu dönemde Sephiroth, Genesis’in Shinra bilim insanlarından biri olan Hollander ile kaçıp klon teknolojisi kullanarak bir ordu yarattığı duyumunu aldı. Shinra’ya karşı bir direniş hareketi oluşturan Genesis, bu direnişe katılmak isteyen ASKER üyelerine kendi genlerini aşılıyordu ve Genesis Savaşı‘nın öncüsü olmuştu. Tek güvenebileceği arkadaşı Angeal’a gidip bu durumu anlatmak isteyen Sephiroth, yine yapayalnız kaldığını fark etti; zira Angeal Hewley de Genesis’in direnişe katılmış ve Shinra’yı terk etmişti.
Bir yandan HEYELAN direnişi, bir yandan da Genesis’in başlattığı savaş ile yıpranan Sephiroth, hayatında ilk kez duygularının baskın geldiğini ve sadakatinin eskisi kadar güçlü olmadığını fark etti. Angeal’ın öğrencisi olan Zack Fair ile bu zamanlarda dostluk kurmaya ve kendisini açmaya başlayan Sephiroth, Angeal ve Genesis ile alakalı görevleri reddedip bu görevlerde Zack’i öneriyor ve bu yeni ASKER’in kendisinden daha güçlü olmasını diliyordu. Sephiroth, artık kendisini yorgun hissediyordu. Gelişen bu olaylardan uzaklaşmaya çalışan Sephiroth’un o aylarda neler yaptığı bilinmese de Zack Fair’in hocası Angeal’ı öldürdüğünü öğrendiğinde platin saçlı ASKER’in de değiştiğinden bahsedilir.
Genesis’in Shinra profesörü Hojo’yu kaçırdığının duyulmasıyla harekete geçen Sephiroth ile Zack, bu olanlara bir son vermek için Kuzey Krateri’ne yakın bir bölgede olan Nibelheim’a gittiler. Sephiroth’un Zack’e ‘artık kendisi için son olduğunu, tamamladıktan sonra Shinra’dan ayrılarak ortadan kaybolacağını’ dahi söylediği, 22 Eylül 0002 tarihinde başlayan bu görevde asıl amaçları, Nibelheim bölgesindeki Mako reaktöründe ortaya çıkan canavarların sebebini araştırmak ve Genesis’i durdurmaktı. Nibelheim kasabasının canavar saldırıları altında ciddi tehlikede olduğunu öğrenen ikili, yanlarına iki adet Shinra ASKERi alarak köye ilerledi. Bu iki askerden birisi de o zamanlarda 16 yaşında olan Cloud Strife’ın ta kendisiydi.
Eskisi kadar soğuk birisi olmayan Sephiroth, görev sırasında hem Cloud hem de Zack ile dostluk kurdu. Cloud’un aslen Nibelheim’den geldiğini ve kendisi gibi 1. sınıf bir ASKER olmak istediğini duyan Sephiroth, annesi Jenova’nın doğum sırasında öldüğünden ve babasını hiç tanımadığından bahsetti. Bu görev sırasında, Cloud’un çocukluk arkadaşı olan Tifa Lockhart’ın öncülüğünde Mako reaktörüne ilerleyen ekip, Sephiroth’un yaşayacağı travmadan tamamen habersizdi.
Mako reaktöründe birçok kapsül olduğunu fark eden ekip, bu kapsüllerin içerisinde mutasyona uğrayarak canavara dönüşen insanları gördü. İnsanların Mako enerjisine maruz kalıp mutasyona uğradığını düşünen Zack, o sırada Sephiroth’un çelikten oluşan bir kapıya ilerlediğine tanık oldu. Sephiroth’un nutku tutulmuştu. Kuzey Krateri’ne yakın olan bu Mako reaktöründe, bu çelik kapının tam da üstünde ailesinden bildiği tek kişinin, yani annesinin adı yazıyordu. JENOVA adını gören Sephiroth donakalmıştı. Zack’in bu olayların ASKER projesi ve Jenova ile bağlantısı olduğunu söylediğinde Sephiroth, kendisine söylenen her şeyin bir yalandan ibaret olabileceği düşüncesiyle aklını kaybederek hemen oradan uzaklaştı.
Öte yandan Nibelheim Kazası olarak kayda geçen olay sırasında zarar görmeyen bazı kaynaklar, Sephiroth’un ekibinden daha önce Mako reaktörüne vardığı ve burada Genesis ile karşılaştığından bahsetmektedir. Genesis’in Jenova projesinden ve ASKERlerden bahsettiği, ASKERlerin Jenova hücreleri ile güçlendirildiğini anlattığı ve Sephiroth’un bu hücreler tarafından yaratılan bir canavar olduğunu ima ettiği de kayıtlarda geçmektedir.
