Cetra ırkının yeni veliahtı olarak büyüyen ve eğitim gören Sephiroth, yaşadıklarından tamamen habersiz bir şekilde Shinra tarafından yetiştirilse de hiçbir zaman Gaia ile iletişime geçemedi. Sephiroth’un neden Gaia ile iletişime geçemediği hakkında araştırmalara devam eden Hojo ve Profesör Gast, çocuğun yaşını ve konuyla ilgili yeterli eğitim görmemesini sebep olarak gösterdiler. Bu sırada Shinra ise onu bir süper ASKER olarak yetiştirmek istiyordu. O yıllarda Shinra’nın Gaia gezegenini öldürmesinden kaynaklı olarak ortaya çıkan gerilim ile Wutai Savaşı isimli bir çatışmanın vuku bulması çok yakındı. Shinra’nın tüm dünyayı Mako reaktörleri ile donatmasından ortaya çıkan bu gerilim, Wutai klanının lideri Godo Kusaragi’nin reaktörlere karşı çıkması ile iyice büyümüştü.
Wutai Savaşı’nın patlak vereceği yıllarda Profesör Gast ile yakınlaşan Sephiroth, her insan gibi nereden geldiğini ve ailesinin kim olduğunu sormaya başladı. Ebeveynleri hakkında hiçbir bilgi alamayan Sephiroth, sadece yıllar boyunca hiçbir haber almadığı annesinin adının ‘Jenova’ olduğunu öğrendi ve edindiği bu bilgiye sımsıkı sarıldı. O sıralarda eğitim almaya devam eden ve yirmili yaşlara doğru gelen Sephiroth, platin rengi saçları ve yemyeşil gözleri ile insanların, özellikle de genç kızların dikkatini çekiyordu. Kendisini diğer insanlardan çok daha farklı hisseden Sephiroth, o yıllarda Shinra’nın yüzü olmaya ve Midgar’da yavaşça tanınmaya başlandı. Sephiroth ‘Nibelheim Kazası’ olarak kayıtlara geçen olaya kadar bir deney ürünü olduğunu öğrenmedi.
Wutai ile Shinra arasındaki gerilim artık dayanılmaz bir noktaya geldiğinde bir savaş patlak vermesi kaçınılmazdı. Savaşın başlaması ile birlikte Shinra’nın ASKER ekibine katılan Sephiroth, üstün kılıç kullanma yeteneği ve dehasıyla savaşın gidişatını tek başına değiştirerek Wutai ordusunun korkulu rüyası hâline dönüştü. Hatta Sephiroth’un o yıllarda Wutai ordusunun kullandığı katana ve odachi’lerden etkilendiği, üstüne bir de Masamune isimli odachi’yi bulup kullanmaya başladığı da bazı tarihçiler tarafından söylenir.
Bir metreyi aşan odachi’si ile Wutai ordusunu paramparça eden Sephiroth, 1. sınıf ASKER olma yolunda da ilerledi. ASKER ekibindeki çoğu kişiden daha güçlü ve yanındaki diğer 1. sınıf üyelerinden çok daha başarılı olan Sephiroth, Shinra’nın savaş sırasında gençleri tarafına çekmek için kullandığı bir idole dönüştü. Cloud Strife, Genesis Rhapsodos, Zack Fair gibi birçok genç Sephiroth’u idol olarak gördü ve evlerini terk edip ASKER olmak için Midgar’a gitti.
“Sözleriniz… Onlar ya beni kandırmak için yarattığınız yalanlar ya da hayatım boyunca aradığım gerçekler… Ne olurlarsa olsunlar hiçbir şeyi değiştirmeyecekler. Hepiniz çürüyeceksiniz.”
– Sephiroth
Sephiroth her ne kadar savaşın gidişatını değiştirse de sonuçta bir insandı ve aynı anda birden çok cephede bulunup sonu gelmez bu savaşı tek başına durduramazdı. Ancak Wutai ordusunun yavaş yavaş tükenmesiyle birlikte gücünü dünyaya göstermeyi hedefleyen Shinra, yeni eğittiği ASKERleri Sephiroth’un yanına gönderdi. Wutai cephesinde ASKER birliğinin yeni yıldızları olan Angeal Hewley ve Genesis Rhapsodos ile tanışan Sephiroth, Angeal’ın öğrencisi olan Zack Fair ile de karşılaştı. Savaşın zor şartları altında Angeal ve Genesis ile daha da yakınlaşan Sephiroth, Profesör Gast dışında ilk kez kendisini başkalarına da açmış ve insani yönünü göstermişti. Ancak Genesis için ilk olarak bir idol olan Sephiroth, zamanla arkadaşı tarafından aşılması gereken bir hedef, hatta bir nevi köstek olarak da görülecekti. Bu noktada Angeal ve Genesis ile Sephiroth’un dostça bir düello yaptığı ancak Genesis’in hırsına yenik düşerek yaralandığı da Shinra kayıtlarında belirtilir.
Genesis’in yarasının iyileşebilmesi için kendi kanını vermek isteyen Sephiroth, istemese de hayatındaki ilk dostlarından birisini sonsuza dek kaybetti. İdolü tarafından yaralandıktan sonra bunu hırsına ve gururuna yediremeyen Genesis, çok daha güçlenmek ve nihayetinde Sephiroth’u da geçmek arzusuyla Wutai Savaşı’nın sonlanmasıyla birlikte ortadan kayboldu.
Savaşı kazanan ve Wutai’yi de kontrolü altına alan Shinra, amacına ulaştı ve Mako reaktörünü bu topraklara da yerleştirdi. Mako enerjisini ve Gaia’nın Hayat Akımı’nı kullanan Shinra gezegeni öldürmeye devam ederken Wutai’nin direniş amacı ise birçok insanı etkiledi.
