Hızla TSMT birlikleriyle birleşen Konoko, bu saldırının amacını sonunda öğrenmişti ama geç kalmıştı. Barabas çoktan Shinatama’ya ulaşmıştı ve çatı katına doğru ilerliyordu. Önüne çıkan bütün zorluklara karşı var gücüyle savaşan Konoko, sonunda çatı katına ulaştı. Barabas’ın, Shinatama’yı bir helikoptere bindirdiğini gördü. Helikopter uzaklaştı ama Barabas kalmayı ve Konoko ile bir kez daha yüzleşmeyi seçti. Konoko, bu sefer eskisinden daha güçlü olmasının getirdiği avantajla Barabas’ı daha kolay bir şekilde yendi ve bu sefer kaçmasına olanak bırakmaksızın onu öldürdü. Rakibini öldürmesiyle bir güç artışı yaşamıştı fakat bu ne kendisi ne de Griffin tarafından fark edildi.

Shinatama, Konoko’nun tek arkadaşıydı ve onu kaybetmesi kendisini derinden sarsabilirdi. Konoko, vakit kaybetmeden Griffin’in karşısına geçerek Shinatama’yı kurtarmaya gideceğini söyledi; ancak Griffin, o iş için çoktan bir ekip gönderdiğini ve Konoko’nun bu işi kişiselleştirmesinden rahatsızlık duyduğunu belirtip bulaşmamasını söyledi. Konoko’nun kendi kararının kesin olduğunu söylemesi Griffin’i sinirlendirmeye yetti. Sürekli emirlerinin sorgulanmasından yorulan Griffin, kendisinin onun komutanı olduğunu sert bir tavırla hatırlatsa da Konoko, bu durumun umurunda olmadığını söyleyerek Griffin’e, yolundan çekilmesini söyledi ve tek başına Shinatama’yı aramaya koyuldu.

Bu sırada Muro ise bir yandan Shinatama’ya işkence ediyordu. Bir androidin acı hissetmesi için tasarlanması onu hayrete düşürmüştü adeta. Bir Atmosfer Dönüşüm Merkezi’nde Sendika askerleriyle çatışarak ilerleyen Konoko, bu sırada yaşadığı bir başka bir güç artışı ile heyecana boğuldu. Diğer yandan bu güç artışını tespit eden Griffin, içinde büyük bir korku hissetti ve işin kontrolden çıktığını söyledi.

Konoko bir süre sonra Shinatama’yı buldu ancak arkadaşı, ağır hasar alması nedeniyle hareket bile edemeyecek konumdaydı. Konoko’nun gerçek isminin aslında Mai Hasegawa olduğunu söyleyen Shinatama, içindeki bu güç artışının sırrı olan Krizalit’e de değindi. Konoko’nun istikrarının an itibariyle tekrar istikrarının bozulduğu raporunu almasıyla Griffin, adamlarına Shinatama’nın bağlı olduğu bir sisteme ait olan kendini imha etme programını çalıştırmalarını adamlarına emretti. Böylece patlamanın verdiği hasar ile Konoko tehdidinden tamamen kurtulacaktı.

Doktor Kerr, yakından ilgilendiği Konoko’ya bir şans daha tanımasını istediyse de Griffin, bu zamana kadar yeterince tolerans gösterdiğini söyleyerek fikrinden vazgeçmedi. Shinatama, kendini imha etme sisteminin aktif edildiğini Konoko’ya bildirerek ona hemen uzaklaşmasını söyledi. Konoko her ne kadar onu terk etmek istemediyse de kendisi için kaçmaktan başka bir yol yoktu. Hızla uzaklaşarak patlamadan kurtuldu ve bulunduğu binadan bir çıkış yolu aradı. Yolda Sendika askerleriyle çatıştığı yetmiyormuş gibi üstüne Griffin’in kendisinin öldüğünden emin olması için gönderdiği ekiple de savaşan Konoko, en sonunda binadan kaçmayı başardı. Birkaç TSMT ajanını ölümüyle sonuçlanan bu olayların ardından Griffin tarafından düzenbaz ajan olarak damgalandığında ise bir zamanlar bir parçası olduğu oluşumun düşmanı hâline geldi.

Konoko, geçmişine ait bilgilerinin bulunduğu Bölgesel Devlet Binası’na doğru yol aldı. Griffin, onun bu hareketini tahmin ettiği için bölgeyi TSMT ajanları ile çevirmişti. Binanın girişine varan Konoko, iki ölü güvenlik görevlisi buldu ve kendisinden hemen önce birilerinin binaya girdiğini fark etti. TSMT ajanlarını haklayarak ilerleyen Konoko, konuştuğu sivillerden aldığı bilgilere göre bütün dosyalara sadece binanın alt kısmındaki komuta merkezinden ulaşılabilirdi. Kısa sürede komuta merkezine varan Konoko, geçmişine ait bilgilere tam ulaşmak üzereydi ki sistemi kıran başka biri bu bilgileri bir CD’ye taşıdı. Konoko hızlı bir şekilde harekete geçip sisteme giriş yapılan konsolu bulduğunda ise oradan ayrılan bir grup Sendika ninjası ile karşılaştı. Konoko’nun geçmişinin bulunduğu CD’yi de Sendika’nın seçkin ninjası Mukade taşıyordu.

Binaların çatılarından ilerleyen Mukade, arkasında bıraktığı Sendika askerleriyle kaçışını kolaylaştırsa da Konoko, her nedense onun yerini sürekli tespit edebiliyordu. Bir şekilde ikisi arasında bir bağlantı vardı ama ne olduğu ayrı bir gizemdi. Konoko en sonunda Mukade’yi köşeye sıkıştırmayı başardı. Meraktan kafasını kemiren sadece geçmişi değil, Mukade’nin ta kendisiydi. Ona kim olduğunu ve neden onu içinde hissettiğini sordu. Mukade, Konoko gibi her öldürdüğünde kanının yanmasından bahsedince onun içinde de bir Krizalit olma ihtimali artmıştı. Yine de Konoko, onun aslında Muro’nun bir haydutu olmaktan başka bir şey olmadığını kafasına koydu; böylece ikili arasında zorlu bir savaş başladı. Konoko nihayetinde Mukade’yi yere sermeyi başardı. Kendisinin de rakibi gibi bir canavar olabileceği düşünceleriyle bir süre boğulsa da sonunda ikisi arasında hiçbir ortaklık bulunmadığını söyledi ve yerde sürünen Mukade’nin boynunu kırarak onu öldürdü. Geçmişinin bulunduğu CD’yi de alarak bölgeden uzaklaştı.

Babasının eski laboratuvarına varıp CD’yi çalıştırdı. Ses kaydının bulunduğu dosyayı oynattığında ise kendisinden bir profesör olarak bahseden babasıyla karşılaştı. Öğrencilerinden biri, aynı zamanda hükümetin halktan sır sakladığına inanmış bir eylemci olan Jamie’ye aşık olmasından bahsediyordu. Birlikte gezdikleri bir vahşi doğa bölgesinde Jamie’nin bacağını kesen dikenli bir bitki sebebiyle vücuduna hızla yayılan enfeksiyona engel olamamasını anlatıyor, ölümcül hâle gelen bu enfeksiyonun Jamie’yi acı içinde süründürüşüne dayanamayıp onu vurduğundan bahsediyordu. Doğaya yayılmış bu zehirli atmosferin farkına varmasıyla bu trajik vakanın tekrar yaşanmaması için kardeşi Doktor Kerr ile birlikte araştırmalara başlayacağına değiniyordu.

Amcasının Kerr olduğunu öğrenen Konoko, onun bulunduğu TSMT Bilim Hapishanesi’ne doğru yol aldı. Lazerle tetiklenen son derece tehlikeli TSMT savunma sistemini aşarak binaya sızmayı başardı ve amcasını aramaya koyuldu. Birkaç TSMT birlikleriyle çatıştıktan sonra amcası Kerr’e ulaştı. Amcası ona birkaç ekipman vererek kendisiyle laboratuvarında buluşmasını istedi. Konoko laboratuvara vardığında Kerr, bildiği her şeyi anlatmaya başladı. Hasegawa ile kendisinin eskiden birer suçlu olduklarından ve ilk olarak araştırmalara Sendika içinde başladıklarından bahsetti. Kendi bütçelerini kendileri karşıladıklarından Sendika’nın onların işine karışmayacaklarına inanıyorlardı. Fakat Sendika onları çok yakından takip ediyordu ve Kerr ile Hasegawa’nın bu zehirli atmosfere karşı geliştirdikleri Daodan Krizalid’in tam olarak ne olduğunu keşfettiklerinde laboratuvarlarına baskın düzenlemeye hazırlandılar.

Daodan Krizalid’i bir insan bedenine eklendiğinde onu her türlü tehlikeye karşı adaptasyon yeteneği sağlıyordu. Geliştirilmiş iki prototip Daodan Krizalid’lerinden biri Hasegawa’nın kızı Mai Hasegawa’dan (yani Konoko’dan) diğeri ise de Mai’nin erkek kardeşi Muro Hasegawa’dan esinlenilmişti. Sendika, düzenlediği baskında Muro ile babasını yakalamış, Kerr ise Mai’yi alıp TSMT’ye götürmüştü çünkü güvenliklerini sağlamalarının tek yolu buydu. Komutan Griffin, olayları duyduğunda Kerr’den daha yedi yaşında olan Mai’nin bedenine bu Daodan Krizalid’ini yerleştirmesini emretti. Sendika’nın da aynısını yaptığını düşünüp, Muro’ya karşı gelmesi için ileride Mai’yi kullanacaktı.