Shakuras’a vardıklarında Kara Templar Raszagal tarafından karşılanan Aiurlu mülteciler, burada bulunan Xel’naga tapınağının varlığını öğrendiler. Tapınakta bulunan teknoloji, gezegendeki zerg sürüsünü silip atacak kadar güçlü bir psişik patlama yaratabilecek durumdaydı ancak bunun için öncelikle iki tane özel khaydarin kristali parçasına ihtiyaç vardı. Bu kristaller, içinde Khala enerjisi barındıran Uraj ve Kara Templar enerjisi içeren Khalis idi. Planı harekete geçirmek için öncelikle tapınağın etrafını temizleyen Artanis ve Zeratul, bu sırada ortaya çıkan Kerrigan’ın varlığıyla huzursuzlandılar. Ancak bütün huzursuzluklarına ve anlaşmazlıklarına rağmen kristalleri ele geçirmek için Kerrigan’ın desteğini kabul ettiler. Braxis’e vardıklarında Kerrigan’ın da desteğiyle Terran Konferderasyonu’nu yenerek Uraj’ı elde etmeyi başardılar. Ancak bu sefer de BDD‘nin (Birleşmiş Dünya Direktörlüğü) gezegeni ablukaya alması yüzünden Baş Amiral Alexei Stukov’la karşı karşıya gelmek zorunda kaldılar. Stukov, Artanis’in teslim olmasını talep etti ancak Artanis bu talebe kulak asmayarak protoss kaçış harekâtına izci türündeki savaş gemisiyle bizzat liderlik etti. Zeratul’un da yardımıyla taretlere güç veren jeneratörleri yok eden ve ablukayı kıran protoss ekibi böylece Braxis’ten ayrıldı.

Artanis’in bir sonraki rotası Khalis’i barındıran ve zerg kontrolünde olan Char gezegeniydi. Kerrigan’ın uyarısını yaptığı yeni Overmind da Khalis kristalinin çok yakınlarındaydı ve kristale ulaşmak için devasa bir zerg sürüsüyle yüzleşmeleri gerekiyordu. Ancak Artanis, yeni Overmind’ın hâlâ gelişme sürecinde olduğunu ve şu anda yapılacak bir saldırının Overmind’ın zerg üzerindeki kontrolünü kesebileceğini öne sürdü. Yine Kerrigan’ın yardımını da alarak iki yönlü bir saldırıda bulundular ve Khalis kristalini ele geçirerek hızla Shakuras’a doğru yol aldılar.

Shakuras’a vardıklarında karşılarında bir ayaklanma buldular. Kara Templar ile olan dostluklarına zaten bilenmiş olan Aldaris, Kerrigan’la olan ittifaklarından sonra savaşçılarını geri çekmiş ve Raszagal’ın güçlerine saldırmaya hazırlanmıştı. Artanis, Aldaris’in archonları sahaya sürme ihtimalinden çekiniyordu ancak Zeratul onların da elinde zihin kontrolü gibi büyük bazı güçlere sahip ve normalde yasaklanmış olan Kara Archonların olduğunu, bu yüzden de endişelenmemesi gerektiğini söyledi. Sonuç olarak iki protoss ordusu karşı karşıya geldi ve Artanis’in Aldaris’i ikna etme çabaları sonuç bulamadan Kerrigan bir kez daha sahneye çıktı. Aldaris, tam da eski bilge halinden uzak davranan Raszagal’ın davranışlarının sebebinin Kerrigan tarafından manipüle edilmesi olduğunu açıklayacakken Kerrigan tarafından öldürüldü. Artanis bunca zamandır Kerrigan tarafından oyuna getirilmelerinden nefret etse de bu, onun kalan zergleri Shakuras’tan kovma konusundaki kararlılığını güçlendirdi.

Xel’naga tapınağına ulaştıklarında Zeratul Khalis’i, Artanis de Uraj’ı taşıyordu. Kristallerin enerjisini biriktirmeye başlayan tapınak, aynı zamanda büyükçe bir zerg sürüsünün de ilgisini çekti. Tapınağı savunan protoss güçleri kristale şarj olacak yeterli vakti tanıdı ve daha sonrasında gerçekleşen psişik patlama Shakuras’ı zerglerden temizlemiş oldu.

Patlamanın hemen ardından Kerrigan bir kez daha Shakuras’a geri geldi ve Raszagal’ı ele geçirerek Char gezegenine nakletti. Yeni Overmind’ı ortadan kaldırmak için uğraşan Kerrigan’ın Kara Templar’a ihtiyacı vardı çünkü Overmind ve kuluçkalarına gerçek anlamda zarar verebilen tek şey Kara Templar enerjisiydi. Bu yüzden de istemeyerek bir kez daha Kerrigan ile iş birliği yapmak durumunda kaldılar. Yeni Overmind, Zeratul’un bıçağının ucunda can verdi ve Kerrigan’ın yine daha önce de olduğu gibi en başından beri olayları manipüle ettiği ortaya çıktı. Bunun sonucunda savaş bir kez daha kızıştı ve Artanis büyük bir protoss birliğini uzay platformlarına yönlendirdi. Başta Fenix olmak üzere zerg karşısında yenik düşen bütün protoss kardeşlerinin intikamını almak için BDD ve Terran Konfederasyonu ile ittifak kuran Artanis, böylece Kerrigan’ın platformda bulunan sürüsüne karşı sert bir saldırıya girişti. Ancak buna rağmen Kerrigan’ın sürüsü üstün geldi ve protoss birlikleri geri çekilmek durumunda kaldı. Artanis ve diğer hayatta kalanlar böylece Shakuras’a dönerek bir zamanlar harika olan medeniyetlerini tekrar inşa etmeye başladılar.

Daha sonraları Braxis gezegeninde gizli bir göreve katılan Artanis, eski dostu Jim Raynor ile buluşarak ona rahatsız edici bazı bilgiler verdi: BDD ajanı Samir Duran tarafından öldürülen eski BDD Baş Amirali Alexei Stukov, Kaloth adındaki bir kuluçka tarafından diriltilmiş ve zerge dönüştürülmüştü. Artanis’in Stukov’u öldürmek gibi bir amacı olmasa d, eski BDD amiralinin vücudundaki zerg etkisini tersine çevirebilecek yeni bir çeşit serum deneme niyetindeydi. Bu uğurda Raynor ve Pretor Taldarin’i Braxis’e gönderdi ve ikili Braxis’ten Stukov’u başarıyla kurtarmayı başardı. Ekip Braxis’ten ayrılırken gezegene git gide daha çok yayılan zerg etkisini bitirmek amacıyla yüzeyi yakarak orada bulunan bütün hayata son verdi.

Kuluçka Savaşları‘ndan sonra Artanis, tekrar birleşmiş olan Protoss Protektorası‘nın en büyük lideri haline geldi. Kara Templar ile Khalai taraflarını bir bütün halinde tutmaya odaklandı ve baş yardımcısı da eski öğrencisi Selendis oldu. Çok uzun süredir ortalarda olmayan Zeratul’a bel bağlayamayacağını anlayınca da bir gün Aiur’u geri almak için kullanmayı düşündüğü Altın Armada‘nın kuruluşunu emretti.